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J-GLOBAL ID：201702216624838256   整理番号：17A1438908

Escherichia coliからのSAMメチルトランスフェラーゼRlmNの触媒機構のQM/MM研究【Powered by NICT】

A QM/MM study of the catalytic mechanism of SAM methyltransferase RlmN from Escherichia coli

著者 (4件)： Zhao Chenxiao (School of Chemistry and Chemical Engineering, Shandong University, Jinan, Shandong, 250100, China) ,  Dong Lihua (School of Chemistry and Chemical Engineering, Shandong University, Jinan, Shandong, 250100, China) ,  Dong Lihua (School of Chemistry and Chemical Engineering, Qilu Normal University, Jinan, Shandong, 250013, China) ,  Liu Yongjun (School of Chemistry and Chemical Engineering, Shandong University, Jinan, Shandong, 250100, China)
資料名： Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics  (Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics)
巻： 85  号： 11  ページ： 1967-1974  発行年： 2017年 
JST資料番号： T0761A  ISSN： 0887-3585  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： RlmNはいくつかの大腸菌転移RNA(tRNA)の23S rRNAおよびアデノシン37(A37)におけるアデノシン2503(:A2503)のC2メチル化を触媒するラジカルS-アデノシルメチオニン(SAM)酵素である。RlmNの触媒反応はS_N2機構を採用した典型的なSAM依存性メチルトランスフェラーゼのものとは明らかに異なっているが,保存されたシステイン残基の中間メチル化を含むピンポン機構に従った。RlmN反応における重要中間体のX線構造を報告し,組合せ量子力学と分子力学(QM/MM)計算を原子レベルでRlmNの反応の詳細を明らかにすることを可能にした。橋かけRlmN C118A tRNA複合体から出発して,形成と架橋種(IM2)の分解能のための可能な機構を解明した。計算に基づいて,IM2はアデノシン環のsp~2ハイブリッドC2上のC355ベースメチレンラジカルの攻撃によって形成された,エネルギー障壁14.4kcal/molに対応し,IM2の分解能はラジカルフラグメンテーション機構に従うことを確認した。mC355A37架橋のC′-S′結合の開裂はC118残基によるC2の脱プロトン化と協調して,17.4kcal/molのエネルギー障壁を有する律速段階である。IM2のC′-S′結合の開裂は,前提条件としてIM2の電子及びC355とC118間のジスルフィド結合の形成の損失を必要としない独立して発生する可能性がある。これらの知見は,RlmNの触媒作用の理解を深めるであろう。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 律速 ,  *触媒 ,  tRNA ,  ジスルフィド結合 ,  *大腸菌 ,  量子論 ,  分解能 ,  *メチルトランスフェラーゼ ,  脱プロトン ,  分子内力学 ,  メチル化 ,  診断用薬 ,  プリンヌクレオシド ,  リボヌクレオシド
準シソーラス用語： 触媒作用 ,  エネルギー障壁 ,  *触媒機構 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： メチルトランスフェラーゼ ,  QM/MM ,  RlmN ,  SAMラジカル酵素

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

物質索引 (1件)： アデノシン

タイトルに関連する用語 (5件)： Escherichia ,  SAM ,  メチルトランスフェラーゼ ,  触媒 ,  研究