地理的起源への個々の木の帰属への遺伝的距離による最近傍アプローチ【Powered by NICT】

Degen Bernd; Blanc-Jolivet Celine; Stierand Katrin; Gillet Elizabeth

文献

J-GLOBAL ID：201702216825014201 整理番号：17A1130857

地理的起源への個々の木の帰属への遺伝的距離による最近傍アプローチ【Powered by NICT】

A nearest neighbour approach by genetic distance to the assignment of individual trees to geographic origin

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資料名：
巻： 27 ページ： 132-141 発行年： 2017年
JST資料番号： W3148A ISSN： 1872-4973 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：オランダ (NLD) 言語：英語 (EN)

過去10年間に,法医学的応用のためのDNAの使用は植物と動物種と同様に,ヒトに実装されている。個々の地理的起源をたどる通常遺伝的帰属解析が必要である。これら手法は個体群または他の凝集体へとグループ化される標準試料に基づいており,起源の最も可能性のあるグループを同定することを意図している。しばしばこのグルーピングは生物学的ではなく,むしろ歴史的または政治的正当化,「原産国」などを持っていない。本論文では,参照試料特定のが潜在的に不完全なグループ内で個々の帰属または分類への新しい最近傍アプローチを提案した。,個体間の遺伝距離に基づいており,この方法は,一般的に使用される方法よりも多くの場合に良く機能する。二データセットを用いた割当方法の動作を実証した。1つのセットは150のSNPでの個々の遺伝子型を持つ120kmで120km景観における分散樹木の多数のシミュレートし,他のセットは61個のSNPsで遺伝子型アフリカ熱帯樹種Entandrophragma cylindricum(Sapelli)の1221個体の実験データから構成されている。正しい自己-割当てのレベルにより判断して,提案アプローチでは,シミュレートしたデータセットとSapelliデータセットに対して5 7%で一般的に使用される周波数とBayesの手法を凌いだ15%であった。この新しい手法は,遺伝的分化の重複源,近縁種,系統地理学的系統および隔離距離で遺伝的差異などに敏感でないし,個体の準最適グルーピングのためのより良い動作する。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

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昆虫・ダニによる植物被害 , 植物の生化学 , 食品の分析

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