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J-GLOBAL ID：201702217663301484   整理番号：17A0483932

画期的な農畜産物作出のためのゲノム情報データベースの整備 第2章 高次解析システムの整備 2 ゲノム情報を活用した新規遺伝子予測機能(2)プログラム結合動作

著者 (3件)： 伊藤剛 (農業生物資源研) ,  沼寿隆 (農業生物資源研) ,  田中剛 (農業生物資源研)
資料名： 農林水産省農林水産技術会議事務局研究成果  (農林水産技術会議事務局研究成果)
号： 570  ページ： 21-23  発行年： 2017年03月31日 
JST資料番号： S0070A  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 日本 (JPN)  言語： 日本語 (JA)

抄録/ポイント： GWASや構造変異検出のプログラムに関して,入力のファイルを一つのフォーマットで準備することで,複数の有力プログラムがまとめて動作するパイプラインを作成した。実データでの動作検証も行った。(著者抄録)

シソーラス用語： 農作物 ,  *畜産物 ,  遺伝情報 ,  *データベース ,  予測 ,  計画 ,  ゲノムワイド関連解析 ,  パイプライン ,  検証 ,  *農産物 ,  ゲノム情報 ,  *動作検証
準シソーラス用語： プログラム ,  GWAS

分類 (2件)： システム設計・解析  (IA02030D) ,  ドキュメンテーション  (FA01020I)

引用文献 (8件)：

• PLINK: Whole genome data analysis toolset. http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/ (参照日 : 2016.7.11).
• GenABEL. http://www.genabel.org/ (参照日 : 2016.7.11).
• GAPIT. http://www.maizegenetics.net/#!gapit/cmkv (参照日 : 2016.7.11).
• Zhao K, Tung CW, Eizenga GC, Wright MH, Ali ML, Price AH, Norton GJ, Islam MR, Reynolds A, Mezey J, McClung AM, Bustamante CD and McCouch SR. (2011) Genome-wide association mapping reveals a rich genetic architecture of complex traits in Oryza sativa. Nature Communications. 2: 467.
• Genome-wide Efficient Mixed Model Association (GEMMA) http://www.xzlab.org/software.html (参照日 : 2016.7.11).

タイトルに関連する用語 (9件)： 畜産物 ,  ゲノム ,  情報データベース ,  整備 ,  解析システム ,  ゲノム情報 ,  活用 ,  遺伝子 ,  予測