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J-GLOBAL ID：201702217689202444   整理番号：17A1928203

サツマイモSPF1転写因子の生物情報学的解析【JST・京大機械翻訳】

Bioinformatics analysis of SPF1 transcription factors from sweet potato [ Ipomoea batatas( L. ) Lam]

著者 (3件)： Li Yuanyuan (江蘇省徐州市農業科学院,江蘇 徐州,221121) ,  Gao Zhiqiang (江蘇師范大学薬用植物生物技術省級重点実験室,江蘇 徐州,221116) ,  Cao Qinghe (江蘇省徐州市農業科学院,江蘇 徐州,221121)
資料名： Jiangsu Daxue Xuebao  (Jiangsu Daxue Xuebao)
巻： 33  号： 4  ページ： 760-767  発行年： 2017年 
JST資料番号： C2703A  ISSN： 1000-4440  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： WRKYタンパク質は植物の特有な転写因子スーパーファミリーであり、SPF1は植物(高系14)からクローンされたWRKYファミリー遺伝子である。生物情報学の手段により、サツマイモSPF1タンパクの組成、構造と機能に対して分析予測を行った。結果は,SPF1蛋白質が豊富なセリン部位を含み,2つのWRKY保存ドメインを含み,それぞれCX4 CX22 HXHとCX4 CX23 HXHフィンガー構造を持つことを示した。それらは,4つのβ-シート,1つのβ-シート,および1つのサツマイモの祖先のIpomoea trifida WRKYドメインにおいて,保存された,YYG(Q/K)Kアミノ酸配列を持っていた。また、C末端WRKYドメインの保守性はN末端WRKYドメインのそれより低い。系統樹解析の結果は,蛋白質N末端とC末端のWRKYドメインが2つの異なる分岐に属することを示した。蛋白質構造の予測結果により、SPF1 WRKY構造区(204~445aa)は蛋白質の三次元構造の内側にあり、非親水性標的DNA結合領域を形成し、SPF1は転写因子として、細胞核遺伝子の発現を調節することが分かった。蛋白質N末端配列には,葉緑体局在化機能がある。このことは,SPF1が細胞核と葉緑体の遺伝子発現調節に関与している可能性があることを示唆している。Data from Wanfang. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： タンパク質 ,  細胞核 ,  葉緑体 ,  親水性 ,  *サツマイモ ,  予測 ,  DNA【核酸】 ,  *転写因子 ,  遺伝子 ,  アミノ酸配列 ,  結合部位
準シソーラス用語： 遺伝子発現調節 ,  C末端 ,  WRKY蛋白質 ,  *バイオインフォマティクス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： sweet potato ,  SPF1 ,  transcription factor ,  WRKY domain

分類 (5件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  植物の生化学  (EH01050J) ,  植物生理学一般  (EH02010Y) ,  進化論一般  (EC03010Q) ,  豆類  (FC03035U)

タイトルに関連する用語 (4件)： サツマイモ ,  転写因子 ,  生物情報学 ,  解析