牛の第一胃マイクロバイオームの統合メタゲノム解析はメタン形質に関連した重要な生物学的機構を明らかにする【Powered by NICT】

Wang Haiying; Zheng Huiru; Browne Fiona; Roehe Rainer; Dewhurst Richard J.; Engel Felix; Hemmje Matthias; Lu Xiangwu; Walsh Paul

文献

J-GLOBAL ID：201702217717727583 整理番号：17A1429102

牛の第一胃マイクロバイオームの統合メタゲノム解析はメタン形質に関連した重要な生物学的機構を明らかにする【Powered by NICT】

Integrated metagenomic analysis of the rumen microbiome of cattle reveals key biological mechanisms associated with methane traits

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資料名：
巻： 124 ページ： 108-119 発行年： 2017年
JST資料番号： W0241A ISSN： 1046-2023 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：オランダ (NLD) 言語：英語 (EN)

メタンは地球温暖化への主要な寄与因子の一つである。第一胃の微生物叢は,ウシのメタン生成に直接関与している。ルーメン微生物群集と宿主遺伝学の変化の間の関係は,バイオサイエンスにおける重要な応用と意味を持っている。微生物遺伝子の多様性と複雑な微生物相互作用の全範囲を明らかにする可能性を持っているので,統合メタゲノムとネットワーク解析は,この努力に大きな可能性を秘めている。本研究はメタゲノムとネットワークベースアプローチの統合による畜牛の第一胃微生物群集を調べた。メタゲノミクス解析で同定された1570の微生物遺伝子の相対的豊度に基づいて,Co量ネットワークを構築し,微生物遺伝子の機能的モジュールを同定した。の主な寄与の一つは,Co量ネットワークを構築し相関しきい値を自動的に決定するのランダム行列理論に基づく手法を開発することである。549微生物遺伝子と3349個の接続から成る,得られたネットワークは,モジュールにおける高度に過剰にある形質特異的遺伝子の明確なモジュール構造を示した。より具体的には,メタン放出と関連することが以前に同定された全20遺伝子はモジュール(超幾何検定,p<10~ 11)で見出された。遺伝子の三分の1はメタン代謝経路に関与している。遺伝子の8試料を横切る豊度分布の更なる検討はメタゲノム存在量の明らかになったパターンは,メタン放出と強い関連を持つことを明らかにした。さらに,モジュールは,メタン生成に直接関与する酵素をコードする微生物遺伝子と明らかに富んでいる(超幾何検定,p<10~ 9)。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

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微生物の生態

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