5′末端コード配列におけるコドン使用頻度の偏りは遺伝子機能の異なる濃縮を明らかにする【Powered by NICT】

Liu Huiling; Rahman Siddiq Ur; Mao Yuanhui; Xu Xiaodong; Tao Shiheng

文献

J-GLOBAL ID：201702217735294712 整理番号：17A1711806

5′末端コード配列におけるコドン使用頻度の偏りは遺伝子機能の異なる濃縮を明らかにする【Powered by NICT】

Codon usage bias in 5′ terminal coding sequences reveals distinct enrichment of gene functions

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資料名：
巻： 109 号： 5-6 ページ： 506-513 発行年： 2017年
JST資料番号： T0422A ISSN： 0888-7543 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：オランダ (NLD) 言語：英語 (EN)

コード配列(CDS)の5′末端でのコドンバイアスはCDSのとは異なることが知られている。事象数の短い領域で起こる初期翻訳伸長と共翻訳転座を調節する。分泌蛋白質をコードする遺伝子では,稀なコドンのより高い発生を有する特殊なシグナル配列である。本研究では,いくつかの真核生物における分泌遺伝子のコドンバイアスを分析した。結果はほ乳類以外の種における分泌遺伝子はCDSの5′末端における稀なコドンのより高い発生を有し,バイアスした非分泌型遺伝子の同じ領域よりも大きいことを示した。GO解析は,異なる地域における稀なコドンクラスタを含む分泌遺伝子が遺伝子機能に種々の役割の原因であることを明らかにした。さらに,蛋白質の疎水性領域をコードする領域のコドンバイアスは分泌および非分泌遺伝子で類似している,分泌遺伝子におけるコドンバイアスの原因の一部はアミノ酸バイアスによって影響されたことを示した。稀なコドンクラスタは,特定の領域でより頻繁に見出され,連続稀なコドンは,リボソーム衝突とドロップオフの確率を増加させるためと考えられる確証されていない。リボソームプロファイリングデータに基づいて,はまれであり,最適コドン間の平均翻訳効率に有意差はなかった。5′末端における高リボソーム密度は異なる翻訳事象に関与するリボソーム休止の結果かもしれない。これらの知見は,分泌遺伝子におけるコドンバイアス,翻訳制御におけるコドンバイアス,mRNA構造とt RNA豊度の同時効果に光を当てる可能性があるに関する豊富な情報を提供した。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

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遺伝子の構造と化学

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