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J-GLOBAL ID：201702217914208298   整理番号：17A1003807

CRISPR sgRNA設計のためのヌクレオチド特性の系統的評価

A systematic evaluation of nucleotide properties for CRISPR sgRNA design

著者 (6件)： KUAN Pei Fen (Stony Brook Univ.) ,  POWERS Scott (Stony Brook Univ.) ,  HE Shuyao (Stony Brook Univ.) ,  LI Kaiqiao (Stony Brook Univ.) ,  ZHAO Xiaoyu (Stony Brook Univ.) ,  HUANG Bo (Pfizer Inc)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 18  号： June  ページ： 18:297 (WEB ONLY)  発行年： 2017年06月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:CRISPRは,過去数年間に遺伝子研究に革命をもたらした汎用性の高い遺伝子編集ツールである。標的/DNA切断の効率を改善するためにsgRNA設計を最適化することは,CRISPRスクリーニングの成功を確実にするために重要である。結果:オリゴヌクレオチド設計とヌクレオソーム占有モデルから知識を借用することにより,本研究では,実際のCRISPRデータセット上の多数の核酸,熱力学および二次構造モデルから計算した候補特徴を系統的に評価した。本研究の結果は,位置依存性ジヌクレオチド機能を考慮すると,受信者動作特性曲線下面積(AUC)>0.8未満で有効sgRNAの設計を改善し,追加的特徴を包めると僅かな改善(AUCの約2%の増加)をもたらすことを示した。結論:機械学習アプローチを用いて,本研究ではsgRNA設計効率のための精密予測モデルを提案した。予測モデルを実装するRパッケージpredictSGRNAはhttp://www.ams.sunysb.edu/~pfkuan/softwares.html#predictsgrnaで入手できる。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *RNA【核酸】 ,  *パリンドローム ,  遺伝子操作 ,  スクリーニング ,  オリゴヌクレオチド ,  *分子設計 ,  ヌクレオソーム ,  二次構造 ,  技術 ,  *予測モデル ,  プログラミング言語 ,  プログラムパッケージ ,  熱力学
準シソーラス用語： *sgRNA ,  *CRISPR ,  遺伝子編集 ,  RNA二次構造 ,  AUC【薬物動力学】 ,  機械学習技術 ,  Rパッケージ

分類 (4件)： 核酸一般  (EB04010U) ,  遺伝学研究法  (EC01020N) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (6件)： CRISPR ,  sgRNA ,  設計 ,  ヌクレオチド ,  系統 ,  評価