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J-GLOBAL ID：201702218178707955   整理番号：17A1389734

LC-MS/MS勾配と分析カラム構造の最適化による細胞ホスホプロテオームの高度に再現性のある改良された無標識定量分析【Powered by NICT】

Highly reproducible improved label-free quantitative analysis of cellular phosphoproteome by optimization of LC-MS/MS gradient and analytical column construction

著者 (8件)： Ahsan Nagib (Division of Biology and Medicine, Brown University, Providence, RI 02903, USA) ,  Ahsan Nagib (Center for Cancer Research Development, Proteomics Core Facility, Rhode Island Hospital, Providence, RI 02903, USA) ,  Belmont Judson (Department of Molecular Biology, Cell Biology, and Biochemistry, Brown University, Providence, RI 02912, USA) ,  Chen Zhuo (Department of Chemistry, Brown University, Providence, RI 02912, USA) ,  Clifton James G. (Department of Molecular Pharmacology, Physiology and Biotechnology, Brown, University, Providence, RI 02912, USA) ,  Salomon Arthur R. (Center for Cancer Research Development, Proteomics Core Facility, Rhode Island Hospital, Providence, RI 02903, USA) ,  Salomon Arthur R. (Department of Molecular Biology, Cell Biology, and Biochemistry, Brown University, Providence, RI 02912, USA) ,  Salomon Arthur R. (Department of Chemistry, Brown University, Providence, RI 02912, USA)
資料名： Journal of Proteomics  (Journal of Proteomics)
巻： 165  ページ： 69-74  発行年： 2017年 
JST資料番号： T0073A  ISSN： 1874-3919  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 生物学的刺激から得られた統計的に有意な定量的変化を持つペプチドの配列決定深さを拡大することが重要である。LC勾配と分析カラム構造の最適化は,高い信頼度で30,000以上のユニークなペプチド及び23,000ホスホペプチドを明らかにすることができることを示した。異なる分析ワークフローの定量的再現性をモデル系としてCD3/4刺激及び非刺激T細胞のホスホプロテオームを比較することによって評価した。標準圧力HPLCで動作する1.9μm粒子を充填したフリットレス,長さ50cmのカラムは有意に配列決定深さを51%向上と選択イオンクロマトグラムピーク広がりを減少させた。最も重要なことは,最適ワークフローで,他のワークフローと比較して刺激した細胞中のホスホペプチド有意に変化の検出における300%以上の改善を認めた。最適カラム配置の発見パワーはA-Raf,B-Raf,c-Myc,CARMA1,Fyn,ITK,LAT,NFAT1/2/3,PKCα,PLCγ1/2,RAF1,SOS1を含むT細胞シグナル伝達において重要であると確立された蛋白質からの新規部位を持つホスホペプチド大きく変化の同定によって説明した。まとめると,著者らの結果は,T細胞受容体刺激に応答して有意に変化したリン酸化変化の広大な景観を明らかにするT細胞ホスホプロテオームの解析のためのサブ2μm粒子を用いて最適化したクロマトグラフィーの分析力を明らかにした。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *最適化 ,  高速液体クロマトグラフィー ,  T細胞受容体 ,  ワークフロー ,  ペプチド ,  リン酸化 ,  *再現性 ,  T細胞 ,  *定量分析 ,  タンパク質
準シソーラス用語： T細胞情報伝達 ,  ホスホペプチド ,  *無標識 ,  *ホスホプロテオーム ,  *LC/MS/MS , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： サブ2μm C18粒子 ,  自由ラベル定量化 ,  LC-MS/MS ,  定量的ホスホプロテオミクス ,  T細胞シグナル伝達

分類 (1件)： 生物学的機能  (EB03040U)

タイトルに関連する用語 (10件)： LC-MS ,  勾配 ,  分析 ,  カラム構造 ,  最適化 ,  細胞 ,  ホスホプロテオーム ,  再現性 ,  無標識 ,  定量分析