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J-GLOBAL ID：201702218290781724   整理番号：17A1552560

遺伝子共発現ネットワークのトポロジーに及ぼすしきい値の効果【Powered by NICT】

Effects of threshold on the topology of gene co-expression networks

著者 (3件)： Couto Cynthia Martins Villar (Sao Carlos Institute of Physics, University of Sao Paulo, PO Box 369, 13560-970, Sao Carlos, SP, Brazil. [e-mail]) ,  Comin Cesar Henrique ,  Costa Luciano da Fontoura
資料名： Molecular BioSystems  (Molecular BioSystems)
巻： 13  号： 10  ページ： 2024-2035  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2331A  ISSN： 1742-206X  CODEN： MBOIBW  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 複雑ネットワーク理論を用いた遺伝子共発現プロファイルの解析に関するいくつかの開発が最近報告されている。このようなアプローチは,通常,加重遺伝子共発現ネットワークの構築から始め,頂点のどの対が接続される定義適切なしきい値の選択が必要である。しきい値選択のための五つの異なるアプローチを示唆し,比較することによりそのような重要な問題に対処することを目的とした。の方法の各々は,潜在的に適切な閾値を選ぶためのそれぞれの人工基準を考察した。異なる生物学的グループからの一連の21マイクロアレイ実験のいくつかの生物学的状況に五提案基準を適用することの効果を調べるために用いた。それぞれの実験について,著者らは各遺伝子対間の関係を測定するためにPearson相関係数を用い,得られた重み行列はいくつかの値を考慮して,それぞれの隣接行列(共発現ネットワーク)を生成する足切りした。それぞれのしきい値を選択するために提案した五つの基準の各々に適用した。得られたネットワークのトポロジーに及ぼすこれらしきい値アプローチの影響をいくつかの測定を用いて比較し,著者らは,データベースに依存して,トポロジー特性に及ぼす影響は大きくなる可能性があることを確認した。しかし,グループデータベースの最も検討されている基準の影響を受け同様であることを確認した。このような結果に基づいて,生成したネットワークが同様の測定を提示した場合,しきい値処理法は,大きな自由度を選択することができることを示唆した。生成されたネットワークは顕著に異なっているならば,各特定研究研究の関心に優れていることをしきい値処理法は合理的な選択である。Copyright 2017 Royal Society of Chemistry All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： 自由度 ,  *位相幾何学 ,  *遺伝子 ,  データベース ,  *ネットワーク
準シソーラス用語： 閾値処理 ,  隣接行列 ,  Pearson相関係数 ,  マイクロアレイ ,  加重 ,  遺伝子発現プロファイリング ,  複雑ネットワーク ,  *共発現 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (4件)： 遺伝子 ,  共発現 ,  トポロジー ,  しきい値