文献

J-GLOBAL ID：201702218577197304   整理番号：17A1376397

立体配座発生 技術の現状

Conformation Generation: The State of the Art

著者 (1件)： HAWKINS Paul C. D. (OpenEye Scientific, New Mexico, USA)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 57  号： 8  ページ： 1747-1756  発行年： 2017年08月 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 文献レビュー  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 薬物発見に有用な有機小分子の立体配座空間サンプリングおよび立体配座の安定性評価法について技術の現状を総説した。薬学における大規模データセットへの適用性を考慮した。特にデータ評価における固体構造の実測値の利用が可能かに注目した。立体配座発生の目的,立体配座発生の方法,立体配座発生ツールの比較評価,今後の課題について解説した。1.立体配座発生の確率的方法について,分子動力学シミュレーション(MD),モンテカルロシミュレーション(MC),核間距離構造(DG),遺伝的アルゴリズム(GA)を説明した。立体配座発生の系統的方法について,Balloon_GA,ETKDG,Frog2,MC-Dock,OMEGA,RDKitのCPU時間およびメディアンRMSDを比較した。2.立体配座発生精度について,回折座標精度指数(DPI)による評価を含むPlatinumおよびIridiumデータセットを挙げた。3.固体データに基づくPDBなどのデータセットにおける配位子の歪エネルギーの推算および無歪立体配座の推算法(PDB-REDOなど),およびCSDの参照を紹介した。4.立体配座の多様性について,研究例を説明した。5.固体情報の利用について,CSDの有用性を解説した。6.大環状化合物について,新しい2種の方法を紹介した。7.立体配座エントロピーについて,配位子歪エネルギーの最小化による方法が不適当であり,水溶液中の立体配座のアンサンブルによるエントロピー寄与の考慮が必要であることを指摘した。

シソーラス用語： *立体配座 ,  *信号標本化 ,  *安定性解析 ,  データ ,  結晶構造 ,  方法論 ,  *計算機シミュレーション ,  *モンテカルロ法 ,  核間距離 ,  *遺伝的アルゴリズム ,  CPU時間 ,  中央値 ,  配位子 ,  歪エネルギー ,  大環状化合物 ,  エントロピー ,  水溶液
準シソーラス用語： アンサンブル広がり ,  サンプリング【標本化】 ,  データセット ,  プログラム評価【計算機プログラム】 ,  メジアン ,  確率的方法 ,  固体構造 ,  精度評価 ,  大規模データ ,  分子動力学シミュレーション ,  分子立体配座 ,  薬物研究

分類 (4件)： 薬物の研究法  (GV01020U) ,  有機化学一般  (CF01000Y) ,  分子の立体配置・配座  (BH05022J) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

物質索引 (1件)： 1-(3,4-ジメトキシフェニル)-3-[3-(1H-イミダゾール-1-イル)プロピル]チオ尿素

タイトルに関連する用語 (2件)： 立体配座 ,  現状