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J-GLOBAL ID：201702218767929083   整理番号：17A0971349

ヒトアジポネクチン受容体2(ADIPOR2)遺伝子の非同義一塩基多型のin silico解析【Powered by NICT】

In silico analysis of nonsynonymous single nucleotide polymorphisms of the human adiponectin receptor 2 (ADIPOR2) gene

著者 (7件)： Solayman Md. (Department of Biochemistry and Molecular Biology, Jahangirnagar University, Savar, Dhaka 1342, Bangladesh) ,  Saleh Md. Abu (Department of Biochemistry and Molecular Biology, Jahangirnagar University, Savar, Dhaka 1342, Bangladesh) ,  Paul Sudip (Department of Biochemistry and Molecular Biology, Jahangirnagar University, Savar, Dhaka 1342, Bangladesh) ,  Paul Sudip (Metabolomics Laboratory, Baker Heart and Diabetes Institute, Melbourne 3004, Victoria, Australia) ,  Khalil Md. Ibrahim (Department of Biochemistry and Molecular Biology, Jahangirnagar University, Savar, Dhaka 1342, Bangladesh) ,  Khalil Md. Ibrahim (Human Genome Centre, School of Medical Sciences, Universiti Sains Malaysia, 16150 Kubang Kerian, Kelantan, Malaysia) ,  Gan Siew Hua (Human Genome Centre, School of Medical Sciences, Universiti Sains Malaysia, 16150 Kubang Kerian, Kelantan, Malaysia)
資料名： Computational Biology and Chemistry  (Computational Biology and Chemistry)
巻： 68  ページ： 175-185  発行年： 2017年 
JST資料番号： H0201B  ISSN： 1476-9271  CODEN： COCHDK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ADIPOQR2遺伝子の多型は,肥満2型糖尿病と心血管疾患を含む疾患発症の高リスクと関連されている。ADIPOQR2遺伝子の変異は有害なが,蛋白質レベルでの機能的および構造的影響の包括的in silico解析が不足している。グルコース取込と脂肪酸酸化におけるADIPOR2の関与を考慮して,in silico機能解析は遺伝的変異と表現型変異の間の潜在的関連性を検討した。ADIPOR2の82非同義SNPのゲノム解析はSIFT(スケール不変特徴変換)とそれに続くSNAP2,nsSNPAnalyzer,PolyPhen,SNPs&GO,FATHMMとPROVEANサーバを用いて開始した。全10変異(R126W,L160Q,L195P,F201S,L235R,L235P,L256R,Y328H,E334KとQ349H)はADIPOR2蛋白質に有害な影響を持つと予測されたので,更なる解析のために選択した。変異体の理論的モデルは,MODELLER9.16を介して比較モデル化により生成した。これらのアミノ酸変異体の蛋白質構造解析はそれらの溶媒の入手,分子動力学とエネルギー最小化計算を調べるためにSNP効果,I変異体,保存表面マッピング,スイスPDBビューアとNetSurfPを用いて行った。さらに,FTSiteを用いて,配位子結合部位を予測したが,NetGlycate,NetPhos2~UbPerdとSUMOplotを用いて翻訳後修飾部位を予測した。全ての変異体の増加した自由エネルギーを示したが,F201Sは最高のエネルギー増加を示した。モデル化された変異体の根平均二乗偏差値は病原性を強く示した。注目すべきことに,三--結合部位はADIPOR2に検出され,位置328及び201での二変異は第一および第二結合ポケットであった。興味深いことに,変異は翻訳後修飾部位では見られなかった。これらの遺伝的変異体はADIPOR2に関連した疾患感受性の広い範囲のより良い理解を提供し,これらの疾患のための新しい分子診断マーカーの開発を助けることができる。所見も関連疾患に対する新しい治療要素の開発を促進するかもしれない。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 自由エネルギー ,  モデリング ,  治療法 ,  *遺伝子 ,  結合部位 ,  心血管疾患 ,  病原性 ,  変異 ,  糖尿病 ,  *一塩基多型 ,  翻訳後修飾 ,  タンパク質
準シソーラス用語： 遺伝的変異 ,  *in silico ,  *in silico解析 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： ADIPOR2 ,  一塩基多型 ,  タイプ2糖尿病 ,  nsSNPAnalyzer ,  SNP効果

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (6件)： ヒト ,  アジポネクチン ,  受容体 ,  遺伝子 ,  一塩基多型 ,  解析