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J-GLOBAL ID：201702218934214626   整理番号：17A0896066

Recon2Neo4j 総合的ゲノムスケールネットワークを管理するためのグラフデータベース技術の適用

Recon2Neo4j: applying graph database technologies for managing comprehensive genome-scale networks

著者 (6件)： BALAUR Irina (European Inst. for Systems Biology and Medicine (EISBM), CNRS, Lyon, FRA) ,  MAZEIN Alexander (European Inst. for Systems Biology and Medicine (EISBM), CNRS, Lyon, FRA) ,  SAQI Mansoor (European Inst. for Systems Biology and Medicine (EISBM), CNRS, Lyon, FRA) ,  LYSENKO Artem (Rothamsted Res., Hertfordshire, GBR) ,  RAWLINGS Christopher J. (Rothamsted Res., Hertfordshire, GBR) ,  AUFFRAY Charles (European Inst. for Systems Biology and Medicine (EISBM), CNRS, Lyon, FRA)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 33  号： 7  ページ： 1096-1098  発行年： 2017年04月01日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Recon2ヒト代謝系再構築モデルのデータを調べるための計算フレームワークRecon2Neo4jについて示した。Recon2Neo4jでは,特定の代謝産物およびそのネットワークネイバーフッドを可視化することにより,ヒトの代謝産物モデルを効率的に調べることが可能となった。Recon2Neo4jにより,統合型の代謝データのクエリーおよび研究が促進された。Recon2Neo4jでは,SBML標準形式で利用可能な入力ファイルを処理し,新しいデータタイプを統合するような拡張が容易に可能である。Recon2Neo4jはウェブサイトから自由に入手可能で,本研究で開発したjavaコードファイルもウェブサイトから入手可能である。

シソーラス用語： フレームワーク【ソフトウェア開発】 ,  ゲノム ,  *ネットワーク ,  グラフ ,  *データベース ,  ヒト ,  再構成 ,  モデル ,  可視化 ,  *代謝産物
準シソーラス用語： *Recon2Neo4j ,  クエリー ,  再構築 ,  *代謝系

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  動物の代謝と栄養一般  (EJ02031R)

タイトルに関連する用語 (2件)： グラフ ,  データベース