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J-GLOBAL ID：201702219053439195   整理番号：17A1446377

Haplostrips:ハプロタイプ可視化による個体群構造を明らかにする【Powered by NICT】

Haplostrips: revealing population structure through haplotype visualization

著者 (3件)： Marnetto Davide (Department of Molecular Biotechnology and Health Sciences, University of Turin, Via Nizza 52, Turin, 10126, Italy) ,  Marnetto Davide (Department of Integrative Biology, University of California, Berkeley 3040 Valley Life Sciences Building, Berkeley, CA, 94720, USA) ,  Huerta-Sanchez Emilia (School of Natural Sciences, University of California, Merced, 5200 North Lake Road, Merced, CA, 95343, USA)
資料名： Methods in Ecology and Evolution  (Methods in Ecology and Evolution)
巻： 8  号： 10  ページ： 1389-1392  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2682A  ISSN： 2041-210X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 集団遺伝学的解析は,しばしば非中性進化過程の影響を示すゲノムの領域における多型変異体を同定した。しかし,遊びでの進化過程へのより深い洞察を得るために,しばしば要約統計量を用いる,元のデータの複雑さの符号化された情報を犠牲にすること。haplostrips,独立してクラスター化及び分離したハプロタイプの形でゲノムの与えられた領域の多型を可視化するツールを提案した。HaplostripsはPython,Rで書かれたコマンドラインツール,入力として異なるcallフォーマットファイルを用い,ヒートマップを生成することである。Haplostripsで利用できるhttps://bitbucket.org/dmarnetto/haplostrips。はいくつかの分野で,位相ハプロタイプの複雑な効果を可視化し,他の遺伝子移入,栽培化,選択,人口統計学的事象に利用可能なすべての生体系に適用することができる。Haplostripsは変異配列にコードされた基本的な情報を失うことなく遺伝的変異の隠れたパターンを明らかにすることができる。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： ゲノム ,  生体系 ,  クラスタ化 ,  集団遺伝 ,  遺伝子導入 ,  統計量 ,  *ハプロタイプ ,  変異 ,  *可視化 ,  符号化
準シソーラス用語： 遺伝的変異 ,  人口統計学 ,  栽培化 ,  進化過程 ,  *個体群構造 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： バイオインフォマティクス ,  ハプロタイプ ,  集団遺伝学 ,  可視化ソフトウェア

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J)

タイトルに関連する用語 (3件)： ハプロタイプ ,  可視化 ,  個体群構造