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J-GLOBAL ID：201702219734545512   整理番号：17A0439959

TipMT:PCRベースの分類群特異的マーカーの特定

TipMT: Identification of PCR-based taxon-specific markers

著者 (10件)： RODRIGUES-LUIZ Gabriela F. (Universidade Federal de Minas Gerais) ,  CARDOSO Mariana S. (Universidade Federal de Minas Gerais) ,  VALDIVIA Hugo O. (Universidade Federal de Minas Gerais) ,  AYALA Edward V. (Universidade Federal de Minas Gerais) ,  GONTIJO Celia M. F. (Centro de Pesquisa Rene Rachou, Fiocruz) ,  RODRIGUES Thiago de S. (Centro Federal de Educacao Tecnologica de Minas Gerais) ,  FUJIWARA Ricardo T. (Universidade Federal de Minas Gerais) ,  LOPES Robson S. (Universidade Federal de Minas Gerais) ,  LOPES Robson S. (Universidade Federal do Mato Grosso) ,  BARTHOLOMEU Daniella C. (Universidade Federal de Minas Gerais)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 18  号： Feb  ページ： 18:104 (WEB ONLY)  発行年： 2017年02月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:分子遺伝学的マーカーは,臨床および環境診断研究において最も有益で広く用いられるゲノム特徴の一つである。ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)ベースの分子マーカーは,ハイスループット自動化に適しており,高い特異性をもたらすので非常に魅力的である。しかしながら,分類群特異的プライマーの設計は,プライマーをアニーリングするための適切なゲノム領域を特定し,プライマー特異性を評価する必要があるために困難で時間がかかる。結果:本研究では,遺伝子型判定ベースのゲノムデータに対してプライマーを検索し,設計するためのウェブアプリケーションであり,複数分類群に対するプライマーの特定のためのツール(TipMT)を開発した。本ツールは,多重PCRを用いて,遺伝子型判定のための単一配列反復(SSR)あるいはオルソログ/分類群特異的遺伝子を特定し,標的とする。本パイプラインをLeishmania属の4種(L.amazonensis,L.braziliensis,L.infantumおよびL.major)のゲノムに適用し,鋳型としてのLeishmania種の人工ゲノムDNA混合物を用いたPCRにより検証した。増幅プロファイルがLeishmania種からのゲノムDNAサンプルの識別を示したので,本実験的検証はTipMTの信頼性を実証する。結論:TipMTウェブツールは,分類群特異的プライマーの大規模な特定および設計を可能にし,http://200.131.37.155/tipMT/にて科学コミュニティに対して無料で利用できる。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *Leishmania ,  *PCR法 ,  生物分類 ,  *バイオマーカー ,  分子生物学 ,  遺伝学実験技術 ,  DNA【核酸】 ,  *応用プログラム
準シソーラス用語： Leishmania属 ,  PCR ,  *PCR増幅 ,  *遺伝的マーカー ,  分子遺伝学 ,  遺伝子型判定 ,  Leishmania amazonensis ,  Leishmania braziliensis ,  Leishmania infantum ,  Leishmania major ,  ゲノムDNA ,  *ウェブアプリケーション

分類 (4件)： 理論生物学一般  (EA02010D) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  動物分類学  (EJ01030T) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (3件)： PCR ,  分類 ,  マーカー