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J-GLOBAL ID：201702219758799767   整理番号：17A1099059

STRaitかみそりv2s他のマーカーシステムへの前進配列に基づくSTR対立遺伝子の報告とそれを越えて【Powered by NICT】

STRait Razor v2s: Advancing sequence-based STR allele reporting and beyond to other marker systems

著者 (5件)： King Jonathan L. (Center for Human Identification, University of North Texas Health Science Center, 3500 Camp Bowie Blvd., Fort Worth, TX 76107, USA) ,  Wendt Frank R. (Center for Human Identification, University of North Texas Health Science Center, 3500 Camp Bowie Blvd., Fort Worth, TX 76107, USA) ,  Sun Jie (Institute of Molecular Medicine, University of North Texas Health Science Center, 3500 Camp Bowie Blvd., Fort Worth, TX 76107, USA) ,  Budowle Bruce (Center for Human Identification, University of North Texas Health Science Center, 3500 Camp Bowie Blvd., Fort Worth, TX 76107, USA) ,  Budowle Bruce (Center of Excellence in Genomic Medicine Research (CEGMR), King Abdulaziz University, Jeddah, Saudi Arabia)
資料名： Forensic Science International: Genetics  (Forensic Science International: Genetics)
巻： 29  ページ： 21-28  発行年： 2017年 
JST資料番号： W3148A  ISSN： 1872-4973  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： STRaitかみそりは超並列シークエンシング(MPS)データの短鎖縦列反復配列(STR)分析のための自由への利用,オープンソースツールを法医学のコミュニテイを提供してきた。STRait Razor v2s(SRv2s)は,ユーザが市販(ForenSeq)と「初期アクセス」両パネル(PowerSeq,混合ID)の完全なアンプリコン内の物理的段階的ハプロタイプを捉えることができた。STRait Razor v2sは個体群レベルの分析を容易にするためにバッチモードで走ることができ,すべてのUnix分布(MAC OSを含む)によって支持された。データはストリング(ハプロタイプ),長さ(例えば,vWA対立遺伝子14),およびInternational Societyof法医学遺伝学の(ISFG)推奨(vWA[CE14]-GRCh38 chr12:5983950 5984049(TAGA)10(CAGA)3TAGA)フォーマットにおける表で報告されている。STRait Razor v2sは現在~2500ユニークな配列のデータベースを含んでいる。このデータベースはISFG推奨フォーマットにおける適切な対立遺伝子にストリングに適合するSRv2sで使用されている。Short Tandem Repeat(STR)に加えて,SRv2sはこれらのマルチプレックスに含まれるすべてのマーカー型からのハプロタイプを捕捉し,報告する必要がある設定ファイルを持っている(例えば,SNP,InDels,microhaplotypes)。混合解釈を容易にするために,データは,従来の犯罪科学捜査ソフトウェアによって示された電気泳動図のそれと同様なフォーマットにおける全マーカーから表示する可能性がある。SRv2sのダウンロードパッケージはhttps://www.unthsc.edu/graduate学校の生物医学的sciences/molecularと医療genetics/laboratory教員とstaff/straitかみそりで見出される可能性がある。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 遺伝学 ,  *対立遺伝子 ,  データベース ,  法医学 ,  ハプロタイプ ,  超並列処理 ,  多重化 ,  個体群 ,  ソフトウェア
準シソーラス用語： 生物医学 ,  エレクトロフェログラム ,  犯罪学 ,  アンプリコン ,  短鎖縦列反復配列 ,  配列解析 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： STRaitかみそり ,  超並列配列決定 ,  短タンデム反復配列 ,  バイオインフォマティクス ,  Microhaplotypes ,  SNP

分類 (2件)： 計算機システム開発  (JD02010R) ,  パターン認識  (JE07000S)

タイトルに関連する用語 (6件)： かみそり ,  マーカー ,  前進 ,  STR ,  対立遺伝子 ,  報告