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J-GLOBAL ID：201702219842149371   整理番号：17A0883049

高圧条件下でのユビキチンの立体配座変化:圧力シミュレーテッドテンパリング分子動力学研究【Powered by NICT】

Conformational changes of ubiquitin under high pressure conditions: A pressure simulated tempering molecular dynamics study

著者 (6件)： Mori Yoshiharu (Department of Physics, Graduate School of Science, Nagoya University, Nagoya, Aichi, 464-8602, Japan) ,  Okamoto Yuko (Department of Physics, Graduate School of Science, Nagoya University, Nagoya, Aichi, 464-8602, Japan) ,  Okamoto Yuko (JST-CREST, Nagoya, Aichi, 464-8602, Japan) ,  Okamoto Yuko (Structural Biology Research Center, Graduate School of Science, Nagoya University, Nagoya, Aichi, 464-8602, Japan) ,  Okamoto Yuko (Center for Computational Science, Graduate School of Engineering, Nagoya University, Nagoya, Aichi, 464-8603, Japan) ,  Okamoto Yuko (Information Technology Center, Nagoya University, Nagoya, Aichi, 464-8601, Japan)
資料名： Journal of Computational Chemistry  (Journal of Computational Chemistry)
巻： 38  号： 15  ページ： 1167-1173  発行年： 2017年 
JST資料番号： C0111B  ISSN： 0192-8651  CODEN： JCCHDD  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ユビキチンシステムの分子動力学シミュレーションはユビキチンの圧力誘起立体配座変化を研究するために圧力シミュレーテッドテンパリングを用いて行った。ユビキチンの圧力依存性は,広範囲の大気圧(0.1 MPa)からの圧力の1.0GPaまで分析した。アミノ酸残基間の距離と大きく変動距離の分布の変動を計算した。圧力により誘起されたL8E34距離の大きな変動はユビキチンの立体配座は高圧条件下で変化することを意味している。低圧よりも高圧で大きく変動領域近傍のより多くの水分子であった。ユビキチンと水の間の相互作用エネルギーの圧力依存性もユビキチンの圧力誘起立体配座変化の水の役割を調べるために計算した。高圧でユビキチン変化の立体配座と蛋白質-水相互作用が重要である。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *分子動力学 ,  計算機シミュレーション ,  *立体配座 ,  *高圧 ,  タンパク質 ,  低圧 ,  *ユビキチン ,  相互作用 ,  圧力効果 ,  水分子 ,  *配座転移 ,  アミノ酸残基
準シソーラス用語： 分子シミュレーション ,  相互作用エネルギー ,  分子動力学シミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 分子シミュレーション ,  拡張アンサンブルアルゴリズム ,  圧力依存性 ,  圧力誘起変性

分類 (2件)： 分子の立体配置・配座  (BH05022J) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： 高圧 ,  ユビキチン ,  立体配座変化 ,  分子動力学 ,  研究