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J-GLOBAL ID：201702220139670331   整理番号：17A1592563

高スループット配列に基づく多剤耐性大腸菌HX43耐性分子機構の解析【JST・京大機械翻訳】

Analysis of the molecular resistance mechanism for Escherichia coli HX43 by high-throughput sequencing

著者 (2件)： Chen Dingqiang (广州医科大学附属第一医院検験科,广州,510120) ,  Yang Ling (广州医科大学附属第一医院検験科,广州,510120)
資料名： Guangzhou Yiyao  (Guangzhou Yiyao)
巻： 48  号： 3  ページ： 7-11  発行年： 2017年 
JST資料番号： C3685A  ISSN： 1000-8535  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 【目的】多剤耐性大腸菌(HX43)における薬剤耐性の分子機構を,高スループット配列決定法によって研究する。方法:Illumina Miseqプラットフォームを用いてHX43に対してハイスループットシークエンシングを行い、Edena、RAST、ResFinder、MLSTとBLASTなどの生物情報学ツールまたはデータベースを用いてデータ分析を行い、薬剤耐性遺伝子関連配列データを獲得した。結果:HX43は多種類の臨床で常用される抗生物質に対して敏感ではなく、カルバペネム系薬物に対してのみ敏感である。高スループット配列決定データの分析により、この菌には多種類の薬剤耐性遺伝子が存在し、β-ラクタム類耐性遺伝子の3つ(blaCMY-42、blaCTX-M-14とblaOXA-30)を含むことが分かった。アミノグリコシド耐性遺伝子の5つの遺伝子(aac(3)-IIa,aadA5,strA,strB,aac(6′)-Ib-cr),キノロン耐性遺伝子(1(aac(6′)-Ib-cr))を検出し,それらの間の相関を明らかにした。3つの耐性遺伝子(sul1,sul2とdfrA17),テトラサイクリン耐性遺伝子1(tet(B)),クロラムフェニコール耐性遺伝子2(catB3とcmlA1)を含む3つの薬剤耐性遺伝子があった。マクロライド系薬剤耐性遺伝子は2つ(erm(B)とmph(A))であった。blaCMY-42を含むcontigsを分析したところ、この遺伝子はISEcp1挿入配列、blc及びsugEなどの遺伝子と関連していることが分かった。プラスミドは,HX43が5つの不和合性群を持つプラスミドを持つことを示した。多遺伝子座配列タイピング(MLST)分析により、HX43はST3835に属し、国内外の比較的少ない配列型であることが分かった。【結論】高スループット配列決定法は,抗生物質耐性に関連する遺伝子情報を正確に得ることができ,臨床的抗菌治療のための重要な実験室データを提供する。Data from Wanfang. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *大腸菌 ,  プラスミド ,  抗生物質 ,  遺伝子 ,  データベース ,  カルバペネム系抗生物質 ,  薬物耐性 ,  データ解析 ,  *多剤耐性 ,  挿入配列
準シソーラス用語： 耐性遺伝子 ,  薬物耐性遺伝子 ,  バイオインフォマティクス ,  *分子機構 ,  *ハイスループット , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： Escherichia coli ,  Antibiotic resistance ,  High-throughput sequencing ,  Resistance mechanism

分類 (5件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  微生物生理一般  (EG03051L) ,  微生物の生態  (EG03040J) ,  動物用医薬品  (FE01050B) ,  微生物検査  (GC02030H)

タイトルに関連する用語 (6件)： 高スループット ,  多剤耐性 ,  大腸菌 ,  耐性 ,  分子機構 ,  解析