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J-GLOBAL ID：201702220226159701   整理番号：17A1389213

癌サブタイプに関連した長鎖非コードRNAの発見DNAメチル化パターン【Powered by NICT】

Discovering DNA methylation patterns for long non-coding RNAs associated with cancer subtypes

著者 (5件)： Ma Xiaoke (School of Computer Science and Technology, Xidian University, No.2 South Taibai Road, Xi’an, Shaanxi, China) ,  Ma Xiaoke (Xidian-Ningbo Information Technology Institute, Xidian University, No. 777 Zhongguanxi Road, Ningbo City, China) ,  Yu Liang (School of Computer Science and Technology, Xidian University, No.2 South Taibai Road, Xi’an, Shaanxi, China) ,  Wang Peizhuo (School of Computer Science and Technology, Xidian University, No.2 South Taibai Road, Xi’an, Shaanxi, China) ,  Yang Xiaofei (School of Computer Science and Technology, Xidian University, No.2 South Taibai Road, Xi’an, Shaanxi, China)
資料名： Computational Biology and Chemistry  (Computational Biology and Chemistry)
巻： 69  ページ： 164-170  発行年： 2017年 
JST資料番号： H0201B  ISSN： 1476-9271  CODEN： COCHDK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 長鎖非コードRNA(lncRNA)は癌の重要な調節因子であることを示す増大する証拠にもかかわらず,lncRNAのDNAメチル化パターンに関する知識は限られている。プローブ,遺伝子とネットワークレベルからの多重癌のサブクラスを越えたlncRNAのためのDNAメチル化パターンを発見するための系統的分析パイプラインを開発した。を用いて癌ゲノムアトラス(TCGA)乳癌メチル化データ,パイプラインは管腔A,管腔B,her2濃縮と同様に基底細胞様などの四種類の主要なサブタイプを横断するlncRNAのため様々なDNAメチル化パターンを見出した。プローブと遺伝子レベルでは,著者らは異なってメチル化されたプローブとlncRNAの両方がサブタイプ特異的であることを見出し,一方,lncRNAであるプローブとしてとして特異的ではなかった。ネットワークレベルでは,パイプラインは各サブタイプのための微分共メチル化lncRNAネットワークを構築した。,複数のネットワークを同時分析することによるサブタイプ特異的及び一般的なlncRNAモジュールの両方を同定した。サブタイプ特異的と共通モジュールのlncRNAはトポロジー的構造,配列保存および発現の点で大きく異なることを示した。さらに,サブタイプ特異的lncRNAモジュールは乳癌サブタイプ予測の精度を有意に改善するためのバイオマーカーとして機能する。最後に,一般的なlncRNAモジュールは患者の生存期間,癌治療に重要なと結合する。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 位相幾何学 ,  重複癌 ,  予測 ,  乳房腫瘍 ,  ネットワーク ,  プローブ ,  バイオマーカー ,  *メチル化 ,  同時分析 ,  遺伝子 ,  患者
準シソーラス用語： 癌治療 ,  *DNAメチル化 ,  *非翻訳長鎖RNA ,  *サブタイプ , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 癌サブタイプ ,  長鎖非コードRNA(lncRNA) ,  DNAメチル化 ,  ネットワーク生物学

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (5件)： 癌 ,  サブタイプ ,  長鎖非コードRNA ,  発見 ,  DNAメチル化