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J-GLOBAL ID：201702220996833098   整理番号：17A1560140

効率的配列分析のためのSeqAn C++テンプレートライブラリ:プログラマのための資源【Powered by NICT】

The SeqAn C++ template library for efficient sequence analysis: A resource for programmers

著者 (12件)： Reinert Knut (Algorithmic Bioinformatics, Institute for Bioinformatics, FU Berlin, Takustrasse 9, 14195 Berlin, Germany) ,  Dadi Temesgen Hailemariam (Algorithmic Bioinformatics, Institute for Bioinformatics, FU Berlin, Takustrasse 9, 14195 Berlin, Germany) ,  Ehrhardt Marcel (Algorithmic Bioinformatics, Institute for Bioinformatics, FU Berlin, Takustrasse 9, 14195 Berlin, Germany) ,  Hauswedell Hannes (Algorithmic Bioinformatics, Institute for Bioinformatics, FU Berlin, Takustrasse 9, 14195 Berlin, Germany) ,  Mehringer Svenja (Algorithmic Bioinformatics, Institute for Bioinformatics, FU Berlin, Takustrasse 9, 14195 Berlin, Germany) ,  Rahn Rene (Algorithmic Bioinformatics, Institute for Bioinformatics, FU Berlin, Takustrasse 9, 14195 Berlin, Germany) ,  Kim Jongkyu (Efficient Algorithms for -Omics Data, Max Planck Institute for Molecular Genetics, Ihnestrasse 62-73, 14195 Berlin, Germany) ,  Pockrandt Christopher (Efficient Algorithms for -Omics Data, Max Planck Institute for Molecular Genetics, Ihnestrasse 62-73, 14195 Berlin, Germany) ,  Winkler Jorg (Efficient Algorithms for -Omics Data, Max Planck Institute for Molecular Genetics, Ihnestrasse 62-73, 14195 Berlin, Germany) ,  Siragusa Enrico (IBM Watson Research, Yorktown Heights, NY, USA) ,  Urgese Gianvito (Department of Control and Computer Engineering, Politecnico di Torino, Italy) ,  Weese David (SAP Innovation Center, Potsdam, Germany)
資料名： Journal of Biotechnology  (Journal of Biotechnology)
巻： 261  ページ： 157-168  発行年： 2017年 
JST資料番号： A0456C  ISSN： 0168-1656  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 新しいアルゴリズム技術の使用が生命科学における多くの重要な問題に重要である。例えばヒトゲノム()の配列決定は新型の燃料集合体アルゴリズムをされなかったであろう実用的BWTベース読み出しマッパーの開発はNGS解析のための道具であった。しかし,技術進歩の高速・バイオインフォマティクスツールのための緊急の必要性のために,最新のアルゴリズム技法間のギャップの広がりと広く使用されているツールの実際のアルゴリズム的成分であった。著者らは以前,2008()における効率的データ型とアルゴリズムのSeqAnライブラリーを導入することによってこれを検討した。SeqAnライブラリーは9年前のその最初の発表以来,かなり成熟している。本論文では,多くの解析ツールと配列解析とその寄与の分野におけるプログラマのための確立された資源としての地位をレビューした。SeqAnは貴重な資源であり続けるであろうことを予想し,特に,体系的な方法で各種ハードウェア加速法を支持する能動的に開始した。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *プログラマ ,  燃料集合体 ,  アルゴリズム ,  ハードウェア ,  ライフサイエンス ,  高速度 ,  C++言語 ,  データ型
準シソーラス用語： 解析ツール ,  ヒトゲノム ,  *配列解析 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： NGS解析 ,  ソフトウェアライブラリ ,  C++ ,  データ構造

分類 (1件)： 遺伝子操作  (EC02050B)

タイトルに関連する用語 (6件)： 配列分析 ,  C++ ,  テンプレート ,  ライブラリ ,  プログラマ ,  資源