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J-GLOBAL ID：201702221466409352   整理番号：17A1287678

隠れMarkovモデルに基づくコピー数変異検出アルゴリズムの研究【JST・京大機械翻訳】

Study of copy number variant detection algorithm based on hidden Markov model

著者 (2件)： Lin Yong (上海理工大学医療器械与食品学院,上海,200090) ,  Liu Xiangqiong (上海理工大学医療器械与食品学院,上海,200090)
資料名： Jisuanji Yingyong Yanjiu  (Jisuanji Yingyong Yanjiu)
巻： 34  号： 2  ページ： 436-439  発行年： 2017年 
JST資料番号： C2536A  ISSN： 1001-3695  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 現在のコピー数変異検出におけるパラメータ最適化と付加的情報利用の不十分さの問題に照準を定めて,隠れMarkovモデルに基づくコピー数変異検出アルゴリズムを提案した。最初に,読み出されたデータと参照配列を比較して,マッチング故障のデータを保存して,ウィンドウ読み取りデータの計数と平滑化を実現した。次に,隠れMarkovモデルを用いて,読み出した異常信号を検出し,候補コピー数の検出結果を得た。最後に,整合故障データに基づく分割を用いることにより,候補の結果をフィルタリングし,検出性能を向上させることができた。シミュレーションと実験データのコピー数の変異検出結果により、このアルゴリズムは高い検出精度とカバー度を有し、既存の常用の検出アルゴリズムより優れていることが分かった。Data from Wanfang. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 故障 ,  *隠れMarkovモデル ,  *アルゴリズム ,  平滑化 ,  *コピー数 ,  情報利用 ,  フィルタリング ,  *変異 ,  マッチング
準シソーラス用語： 検出精度 ,  検出能 ,  パラメータ最適化 ,  *検出アルゴリズム , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： copy number variant ,  variation detection ,  hidden Markov model ,  split read

分類 (1件)： パターン認識  (JE07000S)

タイトルに関連する用語 (5件)： 隠れMarkovモデル ,  コピー数 ,  変異 ,  検出アルゴリズム ,  研究