文献

J-GLOBAL ID：201702221661056542   整理番号：17A0879144

リンゴ:リンゴゲノムの高品質のde novoアセンブルと果実の初期の発達におけるメチロームのダイナミクス

High-quality de novo assembly of the apple genome and methylome dynamics of early fruit development

著者 (25件)： DACCORD Nicolas (INRA, Angers, FRA) ,  CELTON Jean-Marc (INRA, Angers, FRA) ,  GUERIF Philippe (INRA, Angers, FRA) ,  MURANTY Helene (INRA, Angers, FRA) ,  DUREL Charles-Eric (INRA, Angers, FRA) ,  LAURENS Francois (INRA, Angers, FRA) ,  LESPINASSE Yves (INRA, Angers, FRA) ,  GAILLARD Sylvain (INRA, Angers, FRA) ,  AUBOURG Sebastien (INRA, Angers, FRA) ,  BUCHER Etienne (INRA, Angers, FRA) ,  LINSMITH Gareth (Fondazione E Mach di San Michele all’Adige, ITA) ,  BIANCO Luca (Fondazione E Mach di San Michele all’Adige, ITA) ,  MICHELETTI Diego (Fondazione E Mach di San Michele all’Adige, ITA) ,  VELASCO Riccardo (Fondazione E Mach di San Michele all’Adige, ITA) ,  TROGGIO Michela (Fondazione E Mach di San Michele all’Adige, ITA) ,  BECKER Claude (Max Planck Inst. for Developmental Biology, Tuebingen, DEU) ,  WEIGEL Detlef (Max Planck Inst. for Developmental Biology, Tuebingen, DEU) ,  CHOISNE Nathalie (Univ. Paris-Saclay, Versailles, FRA) ,  QUESNEVILLE Hadi (Univ. Paris-Saclay, Versailles, FRA) ,  SCHIJLEN Elio (Wageningen UR-Bioscience, Wageningen, NLD) ,  VAN DE GEEST Henri (Wageningen UR-Bioscience, Wageningen, NLD) ,  DI PIERRO Erica Adele (Univ. Milan, Milan, ITA) ,  GOUZY Jerome (Univ. de Toulouse, Castanet-Tolosan, FRA) ,  REES D Jasper G (Agricultural Res. Council, Pretoria, ZAF) ,  VAN DE WEG Eric (Wageningen UR-Plant Breeding, Wageningen, NLD)
資料名： Nature Genetics  (Nature Genetics)
巻： 49  号： 7  ページ： 1099-1106  発行年： 2017年07月 
JST資料番号： W0430A  ISSN： 1061-4036  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 最新の塩基配列決定技術や光学マッピング技術を用いて,高品質にde novoアセンブルしたリンゴ(Malus domestica Borkh.)ゲノムを作成した。反復配列は,アセンブルした配列の半分以上を占めているが,木のゲノムでこれまで機能のよく分かっていなかった領域を解明する非常によい機会となった。ヘテロクロマチン領域内で過剰にあらわれる新規の高反復レトロトランスポゾン配列を同定した。またさまざまな転移因子(TE)の主要なバーストが2,100万年前に起きたことが推定された。特に,この転移因子バーストのタイミングは,天山山脈の隆起と同時に起きている。天山山脈は,リンゴの起源とされる場所の中央に位置する。このことから,転移因子とそれに関連した作用が,リンゴの祖先からの多様化や,また,おそらくは洋梨からの分岐に寄与しただろうことが示唆される。さらに,ゲノムワイドDNAメチル化データからは,エピジェネティックマークが,リンゴ果実の発達といった作物栽培に重要な性質に貢献していることが示唆される。Copyright Nature Japan KK 2017

シソーラス用語： *リンゴ ,  遺伝学実験技術 ,  反復配列 ,  ヘテロクロマチン ,  レトロトランスポゾン ,  転移性遺伝要素 ,  山岳 ,  地殻変動 ,  生物進化 ,  メチル化 ,  ゲノム ,  *エピジェネティクス ,  栽培品種 ,  情報科学 ,  生物学
準シソーラス用語： DNAメチル化 ,  *DNA配列解析 ,  *メチローム ,  *進化【生物】 ,  天山山脈 ,  転移因子 ,  バイオインフォマティクス

分類 (3件)： 遺伝学研究法  (EC01020N) ,  進化論一般  (EC03010Q) ,  作物の品種  (FC02020V)

タイトルに関連する用語 (7件)： リンゴ ,  ゲノム ,  高品質 ,  果実 ,  初期 ,  発達 ,  ダイナミクス