文献

J-GLOBAL ID：201702222121992104   整理番号：17A1889186

ハツカカビのゲノムにおけるNRPS遺伝子の多様性の生物情報学的解析【JST・京大機械翻訳】

Bioinformatics Analysis of NRPS Gene Diversity in Trichoderma harzianum

著者 (6件)： Yuan Xiaolong (云南省林業科学院,云南省森林植物培育与開発利用重点実験室,国家林業局云南珍稀瀕特森林植物保護和繁育重点実験室,云南 昆明 650201) ,  Zhao Neng (西南林業大学 林学院,云南 昆明,650224) ,  Chen Jian (云南省林業科学院,云南省森林植物培育与開発利用重点実験室,国家林業局云南珍稀瀕特森林植物保護和繁育重点実験室,云南 昆明 650201) ,  Wang Juan (云南省林業科学院,云南省森林植物培育与開発利用重点実験室,国家林業局云南珍稀瀕特森林植物保護和繁育重点実験室,云南 昆明 650201) ,  Yang Yuming (云南省林業科学院,云南省森林植物培育与開発利用重点実験室,国家林業局云南珍稀瀕特森林植物保護和繁育重点実験室,云南 昆明 650201) ,  Wang Yi (云南省林業科学院,云南省森林植物培育与開発利用重点実験室,国家林業局云南珍稀瀕特森林植物保護和繁育重点実験室,云南 昆明 650201)
資料名： Xibu Linye Kexue  (Xibu Linye Kexue)
号： 4  ページ： 7-12,17  発行年： 2017年 
JST資料番号： C3394A  ISSN： 1672-8246  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 本研究の目的は,Trichoderma harzeiにおける非リボソームペプチドの生合成を理解することであった。本論文では、局所BLAST、構造ドメイン分析と抗生物質と二次代謝産物分析ソフト(antiSMASH)、天然産物構造ドメイン検索ソフト(NaPDoS)などの二次代謝産物の生物合成遺伝子分析ツールを用いて、Trichoderma harzeiのゲノムにおける非リボソームペプチド合成酵素NRPS遺伝子について分析した。NRPS遺伝子を有する42の重複群(concel)を,BLASTによって得た。オープンリーディングフレームおよびドメイン分析により、A-T-C(Aはアデノシンのアシル化ドメイン、Tはペプチドのアシルドメイン蛋白質ドメイン、またPCPドメイン、Cは縮合ドメインと呼ばれる)の3つのドメインのタンパク質配列は21本あることが分かった。antiSMASH分析の結果,ゲノムのNRPsの遺伝子クラスタは10個であることが示された。NaPDoSとクラスタ分析の結果は,NRPS遺伝子によって合成されたNRPsが,シデロフォア,毒素,抗生物質,およびいくつかの未知の化合物を含むことを示した。Data from Wanfang. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 抗生物質 ,  シデロホア ,  天然材料 ,  *遺伝子 ,  二次代謝産物 ,  生合成 ,  タンパク質 ,  *ゲノム ,  Trichoderma ,  ペプチド
準シソーラス用語： 遺伝子クラスタ ,  非リボソーム型ペプチドシンターゼ ,  BLAST ,  *バイオインフォマティクス ,  *非リボソームペプチド , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： Trichoderma harzianum ,  genome mining ,  NRPS gene diversity ,  bioinformatics

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (6件)： ゲノム ,  NRPS ,  遺伝子 ,  多様性 ,  生物情報学 ,  解析