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J-GLOBAL ID：201702222799372976   整理番号：17A0936310

分子動力学により明らかにされたMycobacterium tuberculosis(結核菌)からのl,d transpeptidase2における差動弁動力学【Powered by NICT】

Differential flap dynamics in l,d-transpeptidase2 from mycobacterium tuberculosis revealed by molecular dynamics

著者 (7件)： Fakhar Zeynab (Catalysis and Peptide Research Unit, School of Health Sciences, University of KwaZulu-Natal, Durban, 4001, South Africa. [e-mail] [e-mail]) ,  Govender Thavendran ,  Maguire Glenn E. M. ,  Lamichhane Gyanu ,  Walker Ross C. ,  Kruger Hendrik G. ,  Honarparvar Bahareh
資料名： Molecular BioSystems  (Molecular BioSystems)
巻： 13  号： 6  ページ： 1223-1234  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2331A  ISSN： 1742-206X  CODEN： MBOIBW  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 結核治療の進歩にもかかわらず,TBは最も致命的な感染症であると主要な世界的な健康困惑のままである。Mycobacterium tuberculosis(Mtb)はペプチドグリカンの生合成における3→3架橋の高含有量を持つ唯一の既知Mycobacterium,ほとんどの細菌種における無視できる程度である。欠くMtb Ldt_Mt2はこの酵素魅力的な標的とする病原性のコロニー形態と損失の変化を誘導する。細胞壁生存にLdt_Mt2の重要な役割にもかかわらず,β-ヘアピンフラップの動力学に及ぼす配位子結合の影響はまだ知られていない。フラップ領域の構造的及び動力学的挙動をLdt_Mt2に対する効果的な阻害剤の設計に明確な洞察を提供する。β-ラクタムファミリーの特異的クラス,カルバペネム系抗生物質は,この酵素を不活性化することが示されている。基板と三カルバペネムとLdt_Mt2錯体の弁動力学の包括的研究すなわち,エルタペネム,イミペネムおよびメロペネムは140ns分子動力学シミュレーションを用いた最初の考慮のために検討,解析した。MDトラジェクトリーにより誘導された構造的特徴(RMSD,RMSFとR_g)を分析した。,特に先端-先端SER135 ASN167指数,距離解析から,結合プロセス内の弁開口と閉口の点の立体配座変化を同定した。主成分分析(PCA)は,各残基の支配的な運動に及ぼす種々の阻害剤の多様な効果を定性的に理解するために採用した。配位子結合により誘起された種々の内部動力学を調べるために,動的相互相関marix(DCCM)解析を用いた。選択された複合体の結合自由エネルギーをMM-GBSA法を用いて評価し,残基当たりの自由エネルギー分解分析は,全結合自由エネルギーに重要な残基の寄与を評価した。Copyright 2017 Royal Society of Chemistry All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： 酵素 ,  計算機シミュレーション ,  *結核 ,  主成分分析 ,  *分子動力学 ,  構造特性 ,  治療法 ,  自由エネルギー ,  *Mycobacterium ,  *結核菌 ,  配座転移 ,  細胞壁 ,  カルバペネム系抗生物質
準シソーラス用語： 結合自由エネルギー ,  分子動力学シミュレーション ,  阻害剤 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (4件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  酵素製剤・酵素阻害剤の基礎研究  (GW21010W) ,  分子構造  (EB03020Y) ,  薬物の構造活性相関  (GV01050B)

タイトルに関連する用語 (4件)： 分子動力学 ,  Mycobacterium ,  結核菌 ,  動力学