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J-GLOBAL ID：201702222995931759   整理番号：17A0364999

フラックスバランス解析の陽的解による細胞動態の計算的に効率的な動的シミュレーション:xDFBAモデリングとその生化学プロセスへの応用【Powered by NICT】

Computationally efficient dynamic simulation of cellular kinetics via explicit solution of flux balance analysis: xDFBA modelling and its biochemical process applications

著者 (4件)： Jeong Dong Hwi (School of Chemical and Biological Engineering, Institute of Chemical Processes, Seoul National University, 1 Gwanak-ro, Gwanak-gu, Seoul 08826, Republic of Korea) ,  Yoo Sung Jin (School of Chemical and Biological Engineering, Institute of Chemical Processes, Seoul National University, 1 Gwanak-ro, Gwanak-gu, Seoul 08826, Republic of Korea) ,  Kim Jung Hun (School of Chemical and Biological Engineering, Institute of Chemical Processes, Seoul National University, 1 Gwanak-ro, Gwanak-gu, Seoul 08826, Republic of Korea) ,  Lee Jong Min (School of Chemical and Biological Engineering, Institute of Chemical Processes, Seoul National University, 1 Gwanak-ro, Gwanak-gu, Seoul 08826, Republic of Korea)
資料名： Chemical Engineering Research and Design  (Chemical Engineering Research and Design)
巻： 113  ページ： 85-95  発行年： 2016年 
JST資料番号： E0282A  ISSN： 0263-8762  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ゲノムスケール代謝の再構成における最近の発展は,マクロスケール動力学モデルを用いた細胞内代謝を結合することにより,細胞の動的応答の予測におけるその応用が見られた。積分時間ステップの間の繰り返し解かれる大規模線形計画ので,これが,ゲノムスケール代謝モデルのための計算量的に無理である。添加では,このモデルをパラメータ推定あるいは最適制御のような応用に使用した場合,得られた問題は,2水準最適化問題であり,実時間で解くために困難となっている。本研究では,新しい動的フラックスバランス解析フレームワーク,境界条件の関数としてパラメータ化された細胞内フラックスを構築し先験的を提案した。具体解は,連続線形計画を解く必要とせず,マクロスケール動力学モデルによって利用することができた。陽的解を埋め込んだxDFBA意味動的フラックスバランス解析として提案した方法に言及した。法はEscherichia coliとSaccharomyces cerevisiaeの成長モデルに適用し,同じ予測能力を示したが,計算負荷を減少させ,既存DFBAスキームの結果と比較した。xDFBAアプローチによるE.coliの動力学モデルのパラメータ推定と最適制御を適用することにより,その生化学的適用性を実証した。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *モデリング ,  Saccharomyces cerevisiae ,  パラメータ推定 ,  再構成 ,  適応性 ,  境界条件 ,  最適制御 ,  パラメタリゼーション ,  線形計画法 ,  *化学プロセス ,  最適化問題 ,  計算量 ,  代謝
準シソーラス用語： 動力学モデル ,  マクロスケール , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： Bioreactor ,  速度論的モデル化 ,  フラックスバランス解析 ,  パラメトリック計画法 ,  パラメータ推定 ,  基準追跡

分類 (2件)： 撹はん,混合  (XD02040M) ,  装置内の流れ  (XD01010Y)

タイトルに関連する用語 (11件)： フラックス ,  バランス ,  解析 ,  解 ,  細胞動態 ,  計算 ,  動的シミュレーション ,  モデリング ,  生化学 ,  プロセス ,  応用