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J-GLOBAL ID：201702223313591129   整理番号：17A0891382

node.dating Rにおける系統樹の中の祖先の年代決定

node.dating: dating ancestors in phylogenetic trees in R

著者 (5件)： JONES Bradley R. (Simon Fraser Univ., Burnaby, CAN) ,  JONES Bradley R. (BC Centre for Excellence in HIV/AIDS, Vancouver, CAN) ,  POON Art F. Y. (BC Centre for Excellence in HIV/AIDS, Vancouver, CAN) ,  POON Art F. Y. (Univ. British Columbia, British Columbia, CAN) ,  POON Art F. Y. (Western Univ., London, CAN)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 33  号： 6  ページ： 932-934  発行年： 2017年03月15日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： R言語で書かれた分岐時間解析のためのソフトウェアnode.datingについて示した。node.datingでは,系統樹の内接点の年代推定に最尤法を用いる。50種類のシミュレーションした系統樹を用いてnode.datingの実行時間と結果の正確度を調べ,TempEst,LSDおよびBEASTのそれと比較した。その結果,node.datingは他のソフトウェアと比べて実行時間も短く,平均二重誤差も小さいことが分かった。node.datingはRv3.30パッケージ ape v4.0およびGitHubレポジトリから入手可能である。

シソーラス用語： プログラミング言語 ,  プログラムパッケージ ,  *系統樹 ,  *年代測定 ,  *最尤法 ,  時間 ,  特異点
準シソーラス用語： *node.dating ,  Rパッケージ ,  R言語 ,  系統学 ,  実行時間 ,  正確度 ,  *内接点 ,  *分岐時間 ,  分岐点

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  進化論一般  (EC03010Q)

タイトルに関連する用語 (2件)： 系統樹 ,  年代決定