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J-GLOBAL ID：201702223477708453   整理番号：17A1343883

分子力学と量子力学/分子力学レベルでのメチルαLフコシドと結合したRalstonia solanacearumレクチンの絶対結合自由エネルギーの計算【Powered by NICT】

Calculations of the absolute binding free energies for Ralstonia solanacearum lectins bound with methyl-α-l-fucoside at molecular mechanical and quantum mechanical/molecular mechanical levels

著者 (8件)： Liu Wei (State Key Laboratory of Precision Spectroscopy, School of Physics and Materials Science, East China Normal University, Shanghai 200062, China. [e-mail] [e-mail]) ,  Jia Xiangyu ,  Wang Meiting ,  Li Pengfei ,  Wang Xiaohui ,  Hu Wenxin ,  Zheng Jun ,  Mei Ye
資料名： RSC Advances (Web)  (RSC Advances (Web))
巻： 7  号： 61  ページ： 38570-38580  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7055A  ISSN： 2046-2069  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質-リガンド結合自由エネルギーを確実に予測できる方法である合理的薬物設計に不可欠である。この分野に向けられてきた多くの努力が,特に柔軟な配位子で課題が残っている。本研究では,分子力学(MM)法とハイブリッド量子力学/分子力学(QM/MM)法の両方はRalstonia solanacearumレクチンへのメチルαLフコシドの結合親和性の研究に適用されてきた。MMレベルで自由エネルギー二重デカップリング法(DDM)を用いて計算し,各段階での自由エネルギー変化は,Bennetアクセプタンス比(BAR)を用いた中間状態の級数による計算した。結合自由エネルギーは,実験測定と良く一致し,一般的なAMBER力の場またはGLYCAM06jは配位子に適用したかどうか問題ではない。それにもかかわらず,いくつかの中間状態の遅い収束が観察され,これは多くの他の研究で用いたよりもかなり長いシミュレーションが必要である。QM/MM自由エネルギーはMM状態から熱力学的摂動(TP)により計算した。この戦略は,以前の研究におけるQM/MMレベルで直接サンプリングせずに計算した自由エネルギーの最小分散をもたらすことが示されている。しかし,このMMにQM/MM補正後,実験値との一致は減少した。本研究では,多くの他の研究とQM/MM法のさらなる改良のために用いたものより錬金術的プロセスのための実質的に長いシミュレーションのための需要の意味として役立ち,特にQMとMM領域の間の相互作用の記述。Copyright 2017 Royal Society of Chemistry All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： *レクチン ,  力の場 ,  デカップリング ,  *分子内力学 ,  熱力学 ,  *量子論 ,  相互作用 ,  中間状態 ,  摂動 ,  *自由エネルギー
準シソーラス用語： AMBER ,  結合親和性 ,  リガンド ,  *結合自由エネルギー ,  *Ralstonia solanacearum , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (4件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  物理化学一般  (CB01010X) ,  分子の電子構造  (BH05010Q) ,  分子化合物  (CE02000C)

タイトルに関連する用語 (6件)： 分子力学 ,  量子力学 ,  Ralstonia ,  レクチン ,  結合自由エネルギー ,  計算