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J-GLOBAL ID：201702223501006771   整理番号：17A1457247

fecally汚染された河川水で潅がいした新鮮パセリ植物へのウイルス汚染のメタゲノム評価【Powered by NICT】

A metagenomic assessment of viral contamination on fresh parsley plants irrigated with fecally tainted river water

著者 (9件)： Fernandez-Cassi X. (Laboratory of Virus Contaminants of Water and Food, Department of Genetics, Microbiology and Statistics, University of Barcelona, Barcelona, Catalonia, Spain) ,  Timoneda N. (Laboratory of Virus Contaminants of Water and Food, Department of Genetics, Microbiology and Statistics, University of Barcelona, Barcelona, Catalonia, Spain) ,  Timoneda N. (Computational Genomics Lab, Department of Genetics, Microbiology and Statistics, University of Barcelona, Barcelona, Catalonia, Spain) ,  Timoneda N. (Institute of Biomedicine (IBUB), University of Barcelona, Barcelona, Catalonia, Spain) ,  Gonzales-Gustavson E. (Laboratory of Virus Contaminants of Water and Food, Department of Genetics, Microbiology and Statistics, University of Barcelona, Barcelona, Catalonia, Spain) ,  Abril J.F. (Computational Genomics Lab, Department of Genetics, Microbiology and Statistics, University of Barcelona, Barcelona, Catalonia, Spain) ,  Abril J.F. (Institute of Biomedicine (IBUB), University of Barcelona, Barcelona, Catalonia, Spain) ,  Bofill-Mas S. (Laboratory of Virus Contaminants of Water and Food, Department of Genetics, Microbiology and Statistics, University of Barcelona, Barcelona, Catalonia, Spain) ,  Girones R. (Laboratory of Virus Contaminants of Water and Food, Department of Genetics, Microbiology and Statistics, University of Barcelona, Barcelona, Catalonia, Spain)
資料名： International Journal of Food Microbiology  (International Journal of Food Microbiology)
巻： 257  ページ： 80-90  発行年： 2017年 
JST資料番号： A0434C  ISSN： 0168-1605  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 微生物食品媒介疾患は食品安全性を改善するための微生物的品質規制の実施にもかかわらずしばしば報告されている。すべての微生物剤の中で,ウイルスは食中毒の最も重要な原因物質である。生鮮食品におけるウイルス汚染物質のテストへの新世代シークエンシング技術の開発と応用は,汚染食品の消費を通した糞便-経口ルートによって伝染されることがあるかもしれないことをウイルス個体群の研究を可能にする調査されていない分野である。この有望な分野を進展させるべく,パセリは,制御された条件下で植えられ生育と汚染された河川水を用いて洗浄した。ウイルスは灌漑用水を汚染とパセリ葉はメタゲノミクスを用いて調べた。試料操作,ライブラリー調製,および他の源による可能な汚染に対処するために,栄養溶液で灌漑パセリ植物は,負の対照として用いた。並行して,植物潅がいに用いる河川水中に存在するウイルスは同じ方法を用いて分析した。試料に依存して配列決定された全読取の2.4~74.88%のウイルス分類群を求めることができた。河川水で検出したウイルス読み取りの大部分は植物ウイルスファミリーチモ(66.13%)とVirgaviridae(14.45%)とファージウイルスファミリーミオウイルス科(Myoviridae;5.70%),シホウイルス科(Siphoviridae;5.06%),ミクロウイルス科(2.89%)に関連していた。ウイルス読み取りの1%以下がヒトに感染するウイルスファミリーに関連していた,アデノウイルス,レオウイルス,ピコルナウイルスとアストロウイルス科ファミリーのメンバーを含む。パセリ植物の表面上では,検出されたウイルス読み取りの大部分はDicistroviridaeファミリー(41.52%)に割り当てた。重要なウイルス病原体,E型肝炎ウイルス,種A及びB並びにヒトサポウイルスからのいくつかのピコルナウイルスとGIVノロウイルスなどに関連する配列が検出された。パセリ植物で発見されたウイルス配列の高い多様性は,糞便tainted食品に対する灌漑はウイルスファミリーの広い多様性の伝達に役割を持つ可能性があることを示唆した。この知見は食品媒介ウイルス疾患を回避する最良の方法は良好な畑地潅がい及び生産実技を導入することであるという考えを補強する。新しい株はピコルナウイルスに関連し,ヘルペスウイルス科ファミリーと遠い関係にある同定されている。しかし,ウイルスゲノムの検出は,感染または疾患発生のリスクであることを示している必要はない。,感染のリスクと試料中のウイルス性メタゲノムの検出を相関させるために重要である研究続報。は食品安全分野での最近の次世代配列決定(NGS)技術の感度を改善するための新しい方法の開発が緊急に必要である。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *パセリ ,  個体群 ,  植物ウイルス ,  生鮮食品 ,  ノロウイルス ,  ヒト ,  灌漑用水 ,  *河川水 ,  ウイルス感染症 ,  アデノウイルス科 ,  *灌漑 ,  病原体 ,  *ウイルス
準シソーラス用語： ウイルスゲノム ,  *ウイルス汚染 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 食品メタゲノミクス ,  ウイルス病原体 ,  食品安全性 ,  カリシウイルス ,  ピコルナウイルス ,  次世代配列決定

分類 (2件)： 食品の汚染  (FJ01053P) ,  微生物検査法  (EG02020G)

タイトルに関連する用語 (8件)： 汚染 ,  河川水 ,  潅がい ,  新鮮 ,  パセリ ,  植物 ,  ウイルス汚染 ,  ゲノム評価