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J-GLOBAL ID：201702223863838171   整理番号：17A1494498

ゲノミクス研究のためのバイオインフォマティクスインフラストラクチャの開発【Powered by NICT】

Development of Bioinformatics Infrastructure for Genomics Research

著者 (57件)： Mulder Nicola J. (Computational Biology Division, Department of Integrative Biomedical Sciences, Institute for Infectious Disease and Molecular Medicine, University of Cape Town, Cape Town, South Africa) ,  Adebiyi Ezekiel (Department of Computer and Information Sciences, Covenant University, Ota, Nigeria) ,  Adebiyi Ezekiel (Covenant University Bioinformatics Research (CUBRe), Covenant University, Ota, Nigeria) ,  Adebiyi Marion (Department of Computer and Information Sciences, Covenant University, Ota, Nigeria) ,  Adebiyi Marion (Covenant University Bioinformatics Research (CUBRe), Covenant University, Ota, Nigeria) ,  Adeyemi Seun (Covenant University Bioinformatics Research (CUBRe), Covenant University, Ota, Nigeria) ,  Adeyemi Seun (Center for System and Information Service, Covenant University, Ota, Nigeria) ,  Ahmed Azza (Centre for Bioinformatics and Systems Biology, Faculty of Science, University of Khartoum, Khartoum, Sudan) ,  Ahmed Rehab (Centre for Bioinformatics and Systems Biology, Faculty of Science, University of Khartoum, Khartoum, Sudan) ,  Akanle Bola (Covenant University Bioinformatics Research (CUBRe), Covenant University, Ota, Nigeria) ,  Akanle Bola (Center for System and Information Service, Covenant University, Ota, Nigeria) ,  Alibi Mohamed (Laboratory of Bioinformatics, Biomathematics and Biostatistics (BIMS), Institut Pasteur de Tunis, Tunis, Tunisia) ,  Armstrong Don L. (Institute for Genomic Biology, University of Illinois at Urbana-Champaign, Champaign, IL, USA) ,  Aron Shaun (Sydney Brenner Institute for Molecular Bioscience, University of the Witwatersrand, Johannesburg, South Africa) ,  Ashano Efejiro (Covenant University Bioinformatics Research (CUBRe), Covenant University, Ota, Nigeria) ,  Ashano Efejiro (H3Africa Bioinformatics Network (H3ABioNet) Node, National Biotechnology Development Agency (NABDA), Federal Ministry of Science and Technology (FMST), Abuja, Nigeria) ,  Baichoo Shakuntala (University of Mauritius, Moka, Mauritius) ,  Benkahla Alia (Laboratory of Bioinformatics, Biomathematics and Biostatistics (BIMS), Institut Pasteur de Tunis, Tunis, Tunisia) ,  Brown David K. (Research Unit in Bioinformatics (RUBi), Department of Biochemistry and Microbiology, Rhodes University, Grahamstown, South Africa) ,  Chimusa Emile R. (Computational Biology Division, Department of Integrative Biomedical Sciences, Institute for Infectious Disease and Molecular Medicine, University of Cape Town, Cape Town, South Africa) ,  Chimusa Emile R. (Division of Human Genetics, Department of Pathology, Faculty of Health Sciences, Institute of Infectious Disease and Molecular Medicine, University of Cape Town, Cape Town, South Africa) ,  Fadlelmola Faisal M. (Centre for Bioinformatics and Systems Biology, Faculty of Science, University of Khartoum, Khartoum, Sudan) ,  Fadlelmola Faisal M. (Future University of Sudan, Khartoum, Sudan) ,  Falola Dare (Covenant University Bioinformatics Research (CUBRe), Covenant University, Ota, Nigeria) ,  Fatumo Segun (H3Africa Bioinformatics Network (H3ABioNet) Node, National Biotechnology Development Agency (NABDA), Federal Ministry of Science and Technology (FMST), Abuja, Nigeria) ,  Ghedira Kais (Laboratory of Bioinformatics, Biomathematics and Biostatistics (BIMS), Institut Pasteur de Tunis, Tunis, Tunisia) ,  Ghouila Amel (Institut Pasteur de Tunis, LR11IPT02, Laboratory of Transmission, Control and Immunobiology of Infections (LTCII), Tunis-Belvedere, Tunisia) ,  Hazelhurst Scott (Sydney Brenner Institute for Molecular Bioscience, University of the Witwatersrand, Johannesburg, South Africa) ,  Isewon Itunuoluwa (Department of Computer and Information Sciences, Covenant University, Ota, Nigeria) ,  Isewon Itunuoluwa (Covenant University Bioinformatics Research (CUBRe), Covenant University, Ota, Nigeria) ,  Jung Segun (Computation Institute, University of Chicago and Argonne National Laboratory, Chicago, IL, USA) ,  Kassim Samar Kamal (Medical Biochemistry and Molecular Biology Department, Faculty of Medicine, Ain Shams University, Abbaseya, Cairo, Egypt) ,  Kayondo Jonathan K. (Uganda Virus Research Institute (UVRI), Entebbe, Uganda) ,  Mbiyavanga Mamana (Computational Biology Division, Department of Integrative Biomedical Sciences, Institute for Infectious Disease and Molecular Medicine, University of Cape Town, Cape Town, South Africa) ,  Meintjes Ayton (Computational Biology Division, Department of Integrative Biomedical Sciences, Institute for Infectious Disease and Molecular Medicine, University of Cape Town, Cape Town, South Africa) ,  Mohammed Somia (Centre for Bioinformatics and Systems Biology, Faculty of Science, University of Khartoum, Khartoum, Sudan) ,  Mosaku Abayomi (Covenant University Bioinformatics Research (CUBRe), Covenant University, Ota, Nigeria) ,  Moussa Ahmed (LAbTIC Laboratory, ENSA, Abdelmalek Essaadi University, Tangier, Morocco) ,  Muhammd Mustafa (Centre for Bioinformatics and Systems Biology, Faculty of Science, University of Khartoum, Khartoum, Sudan) ,  Mungloo-Dilmohamud Zahra (University of Mauritius, Moka, Mauritius) ,  Nashiru Oyekanmi (H3Africa Bioinformatics Network (H3ABioNet) Node, National Biotechnology Development Agency (NABDA), Federal Ministry of Science and Technology (FMST), Abuja, Nigeria) ,  Odia Trust (Covenant University Bioinformatics Research (CUBRe), Covenant University, Ota, Nigeria) ,  Okafor Adaobi (Covenant University Bioinformatics Research (CUBRe), Covenant University, Ota, Nigeria) ,  Oladipo Olaleye (Covenant University Bioinformatics Research (CUBRe), Covenant University, Ota, Nigeria) ,  Oladipo Olaleye (Center for System and Information Service, Landmark University, Omu-Aran, Nigeria) ,  Osamor Victor (Department of Computer and Information Sciences, Covenant University, Ota, Nigeria) ,  Osamor Victor (Covenant University Bioinformatics Research (CUBRe), Covenant University, Ota, Nigeria) ,  Oyelade Jellili (Department of Computer and Information Sciences, Covenant University, Ota, Nigeria) ,  Oyelade Jellili (Covenant University Bioinformatics Research (CUBRe), Covenant University, Ota, Nigeria) ,  Sadki Khalid (School of Sciences, Mohammed V University of Rabat, Rabat, Morocco) ,  Salifu Samson Pandam (Department of Biochemistry and Biotechnology, Kwame Nkrumah University of Science and Technology, Kumasi, Ghana) ,  Salifu Samson Pandam (Kumasi Centre for Collaborative Research, South End Asougya Road, KNUST Campus, Kumasi, Ghana) ,  Soyemi Jumoke (Department of Computer Science, Ilaro Polytechnic, Ilaro, Nigeria) ,  Panji Sumir (Computational Biology Division, Department of Integrative Biomedical Sciences, Institute for Infectious Disease and Molecular Medicine, University of Cape Town, Cape Town, South Africa) ,  Radouani Fouzia (Chlamydiae and Mycoplasma Laboratory, Institut Pasteur du Maroc, Casablanca, Morocco) ,  Souiai Oussama (Laboratory of Bioinformatics, Biomathematics and Biostatistics (BIMS), Institut Pasteur de Tunis, Tunis, Tunisia) ,  Tastan Bishop OEzlem (Research Unit in Bioinformatics (RUBi), Department of Biochemistry and Microbiology, Rhodes University, Grahamstown, South Africa)
資料名： Global Heart  (Global Heart)
巻： 12  号： 2  ページ： 91-98  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2921A  ISSN： 2211-8160  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： バイオインフォマティクス卓越のポケットはアフリカで開発してきたが,一般的には,大規模ゲノムデータ解析は専門知識とインフラストラクチャの利用可能性によって制限されている。汎アフリカバイオインフォマティクスネットワーク,H3ABioNetは特異的にH3Africa(アフリカにおけるヒト遺伝と健康)研究者はアフリカにおけるそれらのデータを解析することを可能にする能力を構築するために確立した。H3Africaイニシアチブの開始以来,H3ABioNetの役割は共同体とアフリカバイオインフォマティックス界からのニーズの変化に対応した進化してきた。H3ABioNetはデータ収集,輸送,貯蔵,及び分析の様々な側面におけるゲノミクス研究のためのコアバイオインフォマティクスインフラストラクチャと容量を開発に着手した。種々の資源は大陸H3Africa研究者と他の科学コミュニティのゲノムデータ管理と分析ニーズを扱うために開発されてきた。NetMapを開発し,アフリカ内およびアフリカと世界の残りの部分の間のネットワーク性能の正確な描像を構築するために使用されており,淡オンラインは圧延データ移動を容易にした。参加者登録をモニターするために開発した参加者動員データベースと,オントロジーと統制語彙の使用により調和されているデータ。標準化されたメタデータはH3Africaデータと生体試料のための検索機能を提供するために統合される予定である。H3Africaプロジェクトは大規模ゲノムデータを発生しているため,分析と解釈のための施設が重要である。H3ABioNetは広範囲のバイオインフォマティクスツールまたはワークフローを提供することをいくつかのデータ分析プラットフォームを実行している,銀河,ジョブ管理システム,eBiokitsなど。多重H3Africaデータ型を支援するための再現性のある,携帯型,および雲スケーラブルなパイプラインのセットも多重計算インフラストラクチャ上の実行を可能にするために開発し,dockerizedされている。添加では,新しいツールが独自に分岐したアフリカデータの解析のための,優先変異体の下流解釈のために開発した。これら及びその他の生物情報学的質問のサポートを提供するために,広いコンソーシアム専門知識で裏打ちされたオンラインバイオインフォマティクスヘルプデスクを確立した。バイオインフォマティクス訓練の種々のモードの手段によって提供される更なる支持。過去4年間に,H3ABioNetによるインフラストラクチャ支援と人間の能力の開発は,アフリカの科学的ネットワーク,データ解析設備,訓練プログラムの確立に寄与した。,インフラストラクチャを述べ,それがアフリカにおけるゲノミクスとバイオインフォマティクス研究に影響を与えているかを検討した。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： アフリカ ,  再現性 ,  標準化 ,  データ管理 ,  *インフラストラクチャー ,  データベース ,  コミュニティ ,  ゲノム ,  メタデータ ,  ヒト ,  データ収集 ,  データ解析 ,  ネットワーク
準シソーラス用語： *バイオインフォマティクス ,  *ゲノミクス , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 開発,再開発,都市整備  (RD02030V)

タイトルに関連する用語 (3件)： ゲノミクス ,  研究 ,  開発