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J-GLOBAL ID：201702224130686953   整理番号：17A0439937

蛋白質配列比較のための文字列カーネル:向上した折り畳み認識

String kernels for protein sequence comparisons: improved fold recognition

著者 (2件)： NOJOOMI Saghi (Univ. California, Davis) ,  KOEHL Patrice (Dep. of Computer Sci. and Genome Center)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 18  号： Feb  ページ： 18:137 (WEB ONLY)  発行年： 2017年02月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:蛋白質のアミノ酸配列は,それからその構造と究極的機能を引き出すことができる青写真である。従って,配列比較法は蛋白質の間の類似性の決定にとって必要不可欠なままである。二つの蛋白質配列を比較するための伝統的方法は,文字列の間のテキストアラインメントを作成して各アラインメントに関するスコアを提出する前に,配列を表す文章(アミノ酸)の文字列を得ることから始まる。しかし,比較すべき二つの蛋白質配列の間の類似性が低く,対応する配列アラインメントの質が低いとき,類似性の認識に関して悪い成績を導く。結果:本研究では,文字列カーネルの概念に基づき,これら方法のアラインメントフリーな代替法を開発した。近年提出された蛋白質配列の離散空間に対するカーネル(Shenら,Found.Comput.Math.,2013,14:951~984)から始めて,新バージョンであるSeqKernelを導入した。その実装は二つのパラメータである置換マトリックスを調整する係数とそれ自身を含むk-マーの最大長に依存する。折り畳み認識に関するSeqKernelの成績に対するこれら二つのパラメータの効果を徹底的に分析した。パラメータの正しい選択により,SeqKernel類似性測定法の使用が,伝統的なアラインメントベースの方法の使用と比較して,折り畳み認識を向上することを明らかにした。RNAポリメラーゼに関する系統学の推測へのSeqKernelの適用を例示し,それが複数配列アラインメントに基づく方法と同程度の性能を示すことを明らかにした。結論:蛋白質配列の類似性をスコアリングするための数学的カーネルに基づく新規アラインメントフリー法を提出し,特徴付けを行った。本方法の可能性のある改善とともに,配列比較に頼る他のモデリング法へのその適用の拡張について議論した。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *遺伝学実験技術 ,  *アミノ酸配列 ,  *配列相同性 ,  折畳み構造 ,  分子認識 ,  *パターン認識 ,  文字列 ,  マッチング ,  選択 ,  RNAポリメラーゼ ,  評価
準シソーラス用語： *蛋白質配列解析 ,  *アミノ酸配列類似性 ,  *Kernel法 ,  文字列照合 ,  配列アラインメント ,  パラメーター選択 ,  スコアリング

分類 (3件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  生物学的機能  (EB03040U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (4件)： 蛋白質配列 ,  文字列 ,  カーネル ,  折り畳み