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J-GLOBAL ID：201702224183596166   整理番号：17A0135181

テンソル超収縮を伴う原子軌道に基づくSOS-MP2 II.局部テンソル超収縮

Atomic orbital-based SOS-MP2 with tensor hypercontraction. II. Local tensor hypercontraction

著者 (2件)： Song Chenchen (Department of Chemistry and the PULSE Institute, Stanford University, Stanford, California 94305, USA and SLAC National Accelerator Laboratory, Menlo Park, California 94025, USA) ,  Martinez Todd J. (Department of Chemistry and the PULSE Institute, Stanford University, Stanford, California 94305, USA and SLAC National Accelerator Laboratory, Menlo Park, California 94025, USA)
資料名： Journal of Chemical Physics  (Journal of Chemical Physics)
巻： 146  号： 3  ページ： 034104-034104-9  発行年： 2017年01月21日 
JST資料番号： C0275A  ISSN： 0021-9606  CODEN： JCPSA6  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 本シリーズの最初の論文[Paper I,C.Song and T.J.Martinez,J.Chem.Phys.144,174111 (2016)]において,著者等は,原子軌道およびグラフィック処理ユニット(GPUs)を使用して希薄さを利用することにより,テンソル-超収縮(THC)SOS-MP2を加速できる方法を示した。これ方法は,システムサイズに関して,SOS-MP2エネルギー計算の正式なスケーリングを立方体に減少させた。計算上のボトルネックは,THCメトリックマトリックス逆変換になり,大きなプリファクターにより立方体的にスケーリングされた。本研究では,局所THC近似を提案し,THCメトリックマトリックスを分子サイズに関する線形スケーリングに変換する計算コストを削減した。この方法により,O(1000)原子を有する大分子THC-SOS-MP2計算の主要なボトルネックを除去した。局所的THC近似により導入された誤差は,原子200個および基底関数3300までの分子の場合,0.6kcal/mol未満であった。以前の研究で導入されたグラフィック処理ユニット技術と局所性活用手法と伴に,スケーリングされた反対方向のスピンMP2(SOS-MP2)計算は,実際に10000基底関数までO(N2.5)スケーリングを示した。新しいアルゴリズムは,1日未満で1ノードに対して,ユビキチン(1231原子/10294原子基底関数)のような小さなタンパク質のSOS-MP2計算の実行を実現可能にした。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *収縮 ,  *テンソル ,  *原子価結合法 ,  *エネルギー計算 ,  マイクロプロセッサ ,  専用プロセッサ ,  スケーリング【計数】 ,  数 ,  数学的変換 ,  分子サイズ ,  基底関数 ,  近似法 ,  ユビキチン ,  タンパク質
準シソーラス用語： *原子軌道法 ,  グラフィック処理ユニット ,  メトリック ,  マトリックス逆変換 ,  近似解法

分類 (3件)： 物理化学一般その他  (CB01030T) ,  原子の電子構造  (BH02010V) ,  数理物理学  (BA03000W)

タイトルに関連する用語 (4件)： テンソル ,  収縮 ,  原子軌道 ,  SOS