文献

J-GLOBAL ID：201702224204058241   整理番号：17A0287816

地理的分離株の同定のためのProtist Plasmodiophora brassicaeにおけるリボソームDNA配列多型の検出

Detection of Ribosomal DNA Sequence Polymorphisms in the Protist Plasmodiophora brassicae for the Identification of Geographical Isolates

著者 (6件)： LAILA Rawnak (Sunchon National Univ., Suncheon, KOR) ,  ROBIN Arif Hasan Khan (Sunchon National Univ., Suncheon, KOR) ,  YANG Kiwoung (Sunchon National Univ., Suncheon, KOR) ,  CHOI Gyung Ja (Korea Res. Inst. of Chemical Technol., Daejeon, KOR) ,  PARK Jong-In (Sunchon National Univ., Suncheon, KOR) ,  NOU Ill-Sup (Sunchon National Univ., Suncheon, KOR)
資料名： International Journal of Molecular Sciences (Web)  (International Journal of Molecular Sciences (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： WEB ONLY  発行年： 2017年01月 
JST資料番号： U7038A  ISSN： 1422-0067  CODEN： IJMCFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Clubrootは原生綱Plasmodiophora brassicae(P.brassicae)によって引き起こされる土壌伝染病である。これは,Brassica rapaおよび他のアブラナ科作物の最も経済的に重要な病気のひとつであり,顕著な収量低下を引き起こす可能性がある。P.brassicae遺伝学を理解し,効率的な分子マーカーを開発することは,この病原体の有害な競合を効果的に検出するために不可欠である。本研究では,韓国の9つの異なる場所から集めたP.brassicae(地理的分離株)の11種の韓国フィールド集団からの試料を使用した。Clubroot感染サンプルからゲノムDNAを抽出して,リボソームDNAを配列決定した。P.brassicaeのプライマーおよびプローブは,GenBankで入手可能な日本の株由来のリボソームDNA遺伝子配列(アクセッション番号AB526843;単離物NGY)を用いて設計した。小サブユニット(SSU)および大サブユニット(LSU),内部転写スペサー(ITS1およびITS2)及び5.8Sの6932塩基対(bp)を含むP.brassicaeの核リボソームDNA(rDNA)配列をクローニングし,配列決定した。SSUおよびLSUの両方で配列の変異が観察された。4つのマーカーは,単一ヌクレオチド多型(SNP),オリゴヌクレオチド多型,および挿入/欠失(InDel)を含むヌクレオチド多型を同定するための高解像度融解分析において有用な差異を示した。3つのマーカーの組み合わせは,地理的分離株を2つのグループに区別することができた。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *ネコブカビ類 ,  *植物病原菌 ,  抽出 ,  遺伝子クローニング ,  ヌクレオチド配列 ,  プライマー【遺伝】 ,  大韓民国 ,  解析 ,  遺伝子発現 ,  DNA【核酸】 ,  アブラナ科 ,  バイオマーカー ,  プローブ ,  サブユニット ,  塩基対 ,  *一塩基多型 ,  遺伝子欠損
準シソーラス用語： DNA抽出 ,  *Plasmodiophora brassicae ,  ゲノムDNA ,  リボソームDNA ,  遺伝子配列 ,  遺伝子配列決定 ,  系統樹解析 ,  分子マーカー

分類 (2件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  微生物の生態  (EG03040J)

タイトルに関連する用語 (5件)： 地理 ,  分離株 ,  同定 ,  リボソームDNA ,  多型