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J-GLOBAL ID：201702224291944334   整理番号：17A1113046

蛋白質の結合部位における水の位置の統計分析と調査と予測

Statistical Analysis, Investigation, and Prediction of the Water Positions in the Binding Sites of Proteins

著者 (5件)： XIAO Wei (East China Univ. Sci. and Technol., Shanghai, CHN) ,  HE Zenghui (East China Univ. Sci. and Technol., Shanghai, CHN) ,  SUN Meijian (East China Univ. Sci. and Technol., Shanghai, CHN) ,  LI Shiliang (East China Univ. Sci. and Technol., Shanghai, CHN) ,  LI Honglin (East China Univ. Sci. and Technol., Shanghai, CHN)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 57  号： 7  ページ： 1517-1528  発行年： 2017年07月 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 本研究では,蛋白質の高分解能結晶構造について,結合部位における水分子の相互作用パターンの包括的分析を実施した。高分解能結晶構造中の結合部位について実験的に同定された水分子に依存する統計的予測方法を提案する。訓練データセットにおける水分子の様々な相互作用パターンをクラスタ化して分析することにより,異なる形状の特徴三角形を形成する一連の残基群トリプレットに基づいて四面体-水クラスタモデルを導出した。この四面体-水クラスタモデルでは,残基群の三つ組の3極性原子の三重項が四面体の下三角の頂点として働き,これら3つの極性原子と相互作用する水分子は四面体の頂点として設定した。193結晶構造化になる試験セットを用いてここで提案したモデルの性能を検証した。

シソーラス用語： タンパク質 ,  *結合部位 ,  *統計解析 ,  *水分子 ,  結晶構造 ,  高分解能 ,  相互作用 ,  *クラスタ化 ,  *ネットワーク ,  van der Waals力 ,  分子 ,  予測モデル ,  *水和 ,  *分子構造
準シソーラス用語： 統計分析 ,  *水素結合ネットワーク ,  ファンデルワールス相互作用 ,  生体分子 ,  *蛋白質水和 ,  *蛋白質構造

分類 (3件)： 理論生物学一般  (EA02010D) ,  分子構造  (EB03020Y) ,  有機天然化合物の結晶構造  (BK08050M)

タイトルに関連する用語 (6件)： 蛋白質 ,  結合部位 ,  水 ,  統計分析 ,  調査 ,  予測