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J-GLOBAL ID：201702224787835326   整理番号：17A1130837

シーケンサーマッパ:超並列シーケンシングデータのためのDNA配列探索ツール【Powered by NICT】

SEQ Mapper: A DNA sequence searching tool for massively parallel sequencing data

著者 (4件)： Lee James Chun-I (Department of Forensic Medicine, College of Medicine, National Taiwan University, No.1 Jen-Ai Road Section 1, Taipei 10051, Taiwan, ROC) ,  Tseng Bill (Department of Forensic Medicine, College of Medicine, National Taiwan University, No.1 Jen-Ai Road Section 1, Taipei 10051, Taiwan, ROC) ,  Chang Liang-Kai (Laboratory of Cancer Genomic Medicine, LIHPAO Life Science. CO., Ltd., 8F Med Sci & Tech Bldg, No 201, Sec 2 Shipai Rd, Taipei 11217, Taiwan, ROC) ,  Linacre Adrian (School of Biological Sciences, Flinders University, Adelaide 5001, Australia)
資料名： Forensic Science International: Genetics  (Forensic Science International: Genetics)
巻： 26  ページ： 66-69  発行年： 2017年 
JST資料番号： W3148A  ISSN： 1872-4973  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 超並列シークエンシング(MPS)の開発は,DNA配列決定の規模を大幅に増加している。ポテンシャル多型遺伝子座のためのデータを調べる場合には,単一のMPS解析からの大量データファイルの分析は主要な課題である。短鎖縦列反復配列(STR)及び一塩基多型(SNP)の両方の分析を支援するために,著者らはSEQ MapperはMPSにより生成されたリードの大きな数内の遺伝的多型を探索すると呼ばれる新しいプログラムを設計した。この新しいプログラムは,参照データと発生したリード間の配列マッピングを行うように設計されている。概念実証として,アメロゲニン遺伝子座からの五のSTR遺伝子座とデータの対立遺伝子ラダー由来の配列は,基準データセットとして使用した。各STR遺伝子座の多形性の検出と記録四レベル探索基準の全STR遺伝子座二プライマーを用いて行った;STR領域は二プライマー配列をプラスSTR領域のみ;二プライマーのみ。5STR遺伝子座とアメロゲニン遺伝子の全遺伝子型は本研究では10試験試料に基づいたキャピラリー電気泳動から得られた結果と比較した場合,SEQマッパを用いて正しく同定された。SEQ Mapperは臨床医学と法医学的遺伝学の両方でMPSにより発生したSTRまたはSNP対立遺伝子を検出するための有用なツールである。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 遺伝子 ,  法医学 ,  *超並列処理 ,  遺伝子型 ,  一塩基多型 ,  対立遺伝子 ,  キャピラリー電気泳動 ,  遺伝子多型 ,  遺伝学
準シソーラス用語： 多型性 ,  アメロゲニン ,  短鎖縦列反復配列 ,  配列解析 ,  *DNA配列 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： STR ,  SNP ,  バイオインフォマティクス ,  超並列配列決定 ,  次世代配列決定 ,  裁判科学

分類 (1件)： 電気泳動分析  (CC04017K)

タイトルに関連する用語 (3件)： DNA配列 ,  探索 ,  ツール