抄録/ポイント：
抄録/ポイント
文献の概要を数百字程度の日本語でまとめたものです。
部分表示の続きは、JDreamⅢ(有料)でご覧頂けます。
J-GLOBALでは書誌(タイトル、著者名等)登載から半年以上経過後に表示されますが、医療系文献の場合はMyJ-GLOBALでのログインが必要です。
De Bruijnグラフ構築はde novo参照ゲノムの存在しない完全配列への入力リードを接続するアセンブラの第一段階である。この段階は時間とメモリ空間がかかる。この問題に対処するために,著者らはParaHash,コンパクト形式で入力データを分割し,単一コンピュータにおけるCPUおよびGPUの両方に計算をに従って並列,ハッシュベースDe Bruijnグラフ構築を行うシステムを開発した。ParaHashは記憶に適合できない大きなゲノムを組み立てるためにすべての利用可能なプロセッサ利用する。さらに,ハッシュテーブルサイズを設定し,固有の多重度を扱うために同時ハッシングアルゴリズムを設計し,データ転送と更なる効率の計算をパイプラインにゲノムデータの特性を解析した。実世界ゲノムデータセット上での実験を行い,作業負荷は,異種プロセッサを横切るバランスであり,ParaHashした最新の共有メモリアセンブラより最大20倍速い全体的な性能を持つ単一マシン上での十億節グラフを構築できることを示した。Copyright 2017 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】
