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J-GLOBAL ID：201702225206543533   整理番号：17A1093392

RUbioSeq+:次世代シーケンシングデータを解析するための並列パイプライン実行するプラットフォームの応用【Powered by NICT】

RUbioSeq+: A multiplatform application that executes parallelized pipelines to analyse next-generation sequencing data

著者 (11件)： Rubio-Camarillo Miriam (Bioinformatics Unit (UBio), Structural Biology and Biocomputing Programme, Spanish National Cancer Research Centre (CNIO), Madrid, Spain) ,  Lopez-Fernandez Hugo (Higher Technical School of Computer Engineering, University of Vigo, Ourense, Spain) ,  Lopez-Fernandez Hugo (Instituto de Investigacion Biomedica de Vigo (IBIV), Vigo, Spain) ,  Gomez-Lopez Gonzalo (Bioinformatics Unit (UBio), Structural Biology and Biocomputing Programme, Spanish National Cancer Research Centre (CNIO), Madrid, Spain) ,  Carro Angel (Bioinformatics Unit (UBio), Structural Biology and Biocomputing Programme, Spanish National Cancer Research Centre (CNIO), Madrid, Spain) ,  Fernandez Jose Maria (Spanish National Bioinformatics Institute (INB), INB Node 2, Structural Biology and Biocomputing Programme, Spanish National Cancer Research Centre (CNIO), 28029 Madrid, Spain) ,  Torre Coral Fustero (Bioinformatics Unit (UBio), Structural Biology and Biocomputing Programme, Spanish National Cancer Research Centre (CNIO), Madrid, Spain) ,  Fdez-Riverola Florentino (Higher Technical School of Computer Engineering, University of Vigo, Ourense, Spain) ,  Fdez-Riverola Florentino (Instituto de Investigacion Biomedica de Vigo (IBIV), Vigo, Spain) ,  Glez-Pena Daniel (Higher Technical School of Computer Engineering, University of Vigo, Ourense, Spain) ,  Glez-Pena Daniel (Instituto de Investigacion Biomedica de Vigo (IBIV), Vigo, Spain)
資料名： Computer Methods and Programs in Biomedicine  (Computer Methods and Programs in Biomedicine)
巻： 138  ページ： 73-81  発行年： 2017年 
JST資料番号： D0213C  ISSN： 0169-2607  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アイルランド (IRL)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ルーチン分析を容易にするために,結果の再現性を改善するために,次世代シークエンシング(NGS)解析は直感的で効率的な統合データ処理パイプラインを必要とする。DNAseq(単一ヌクレオチド変異体(SNV)およびインデル),CNA seq,亜硫酸水素配列およびChIP-seq実験のためのNGSデータを解析するために一連の自動化された並列ワークフローを構築するための十分に確立されたソフトウェア選択した。RUbioSeq+,RUbioSeqの最新版でありかつ拡張版,NGSデータを解析するために一連の自動化された並列ワークフローを組み込んだマルチプラットフォーム応用を示した。新しいバージョンを含んでいる(i)生物医学研究者とバイオインフォマティクスの両方でその使用を容易にする会話型グラフィカルユーザインタフェイス(GUI),(ii)ChIP-seq実験のための新しいパイプライン,(iii)DNAseq実験,(iv)と改良並列化とマルチスレッド実行オプションのための一対比較(症例対照分析)。ソフトウェアにより得られた結果を,出版のための検証し,受け入れられている実験的にした。RUbioSeq+であるhttp://rubioseq.bioinfo.cnio.es/で全ユーザに自由,開放であった。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 会話 ,  ソフトウェア ,  データ処理 ,  GUI【計算機】 ,  自動化 ,  マルチスレッド ,  *ワークフロー ,  ルーチン分析 ,  亜硫酸 ,  再現性
準シソーラス用語： バイオインフォマティクス ,  生物医学研究 ,  マルチプラットフォーム ,  ヌクレオチド変異 ,  *次世代シークエンシング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： NGS解析 ,  全ゲノム ,  コーリング変異体 ,  ChIPSeq ,  亜硫酸水素塩Seq ,  CNV

分類 (2件)： 医用画像処理  (JE04020T) ,  医用情報処理  (JE15030Q)

タイトルに関連する用語 (5件)： 次世代シーケンシング ,  解析 ,  パイプライン ,  プラットフォーム ,  応用