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J-GLOBAL ID：201702225629045290   整理番号：17A1727741

メタ動力学はユーカリプトールとβ-シクロデキストリン包接錯体の分子動力学シミュレーションに基づく結合親和性を支持する【Powered by NICT】

Metadynamics supports molecular dynamics simulation-based binding affinities of eucalyptol and beta-cyclodextrin inclusion complexes

著者 (5件)： Nutho Bodee (Program in Biotechnology, Faculty of Science, Chulalongkorn University, Bangkok 10330, Thailand) ,  Nunthaboot Nadtanet ,  Wolschann Peter ,  Kungwan Nawee ,  Rungrotmongkol Thanyada
資料名： RSC Advances (Web)  (RSC Advances (Web))
巻： 7  号： 80  ページ： 50899-50911  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7055A  ISSN： 2046-2069  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 種々の分子動力学法の開発は,会合過程の詳細な研究を可能にし,ホスト-ゲスト錯体,それらの動力学,さらに,ゲスト化合物の放出を含む。そのような方法の応用の一例として,ユーカリプトールとシクロデキストリンの包接錯体形成について述べた。ユーカリプトールはユーカリ油の主要成分である抗炎症特性を示す。この化合物はフレーバ,フレグランス,薬物療法を含む多くの用途を持っている。しかし,その薬学的応用は揮発性と低水溶性により制限されている。シクロデキストリン(CD)であるオイカリプトールと包接錯体を形成する溶解度と安定性を高めるためにできることを化合物である。本研究では,分子動力学(MD)シミュレーションと自由エネルギー計算は,天然β-シクロデキストリン(βCD)とその誘導体,2,6-ジメチル-βCD(2,6 DMβCD)と三ヒドロキシプロピルβCD(2HPβCD,6HPβCDと2,6DHPβCD)とオイカリプトールのホスト-ゲスト包接錯体の分子構造,動的挙動と結合親和性を決定した。包接錯体では,ユーカリプトールはここで調べたすべてのβCDの疎水性空洞内に局在する。結合親和性は,M06-2X/6-31G(d,p)レベルの理論を用いたMM/PBSAとQM/PBSAで計算し,2,6DMβCD>βCD>2HPβCDのための実験安定度定数と比較的良く一致した。添加では,CDの空洞からのオイカリプトールの放出経路を調べるために適用した最近開発されたメタ動力学シミュレーション。本研究からの結果は,MDシミュレーション,メタ動力学とそれに関連した自由エネルギー計算は実験研究のための優れた支援を提供することを示し,包接錯体の構造的及び動力学的挙動とホスト-ゲスト相互作用に関するエネルギーの詳細についての付加的情報を与えた。さらに,包接錯体の放出方向と可能な解離速度も予測した。Copyright 2017 Royal Society of Chemistry All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： 生成定数 ,  分子構造 ,  溶解度 ,  *包接化合物 ,  *分子動力学 ,  水溶性 ,  *ユーカリ ,  *シミュレーション ,  *シクロデキストリン ,  疎水性 ,  *錯体
準シソーラス用語： 自由エネルギー計算 ,  *結合親和性 ,  *分子動力学シミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 分子化合物  (CE02000C)

物質索引 (1件)： β-シクロデキストリン

タイトルに関連する用語 (7件)： 動力学 ,  ユーカリプトール ,  β-シクロデキストリン ,  包接錯体 ,  分子動力学シミュレーション ,  結合親和性 ,  支持