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J-GLOBAL ID：201702225728604800   整理番号：17A0883721

ショットガンプロテオミクスのための無標識定量化法の比較評価【Powered by NICT】

Comparative evaluation of label-free quantification methods for shotgun proteomics

著者 (9件)： Bubis Julia A. (Institute for Energy Problems of Chemical Physics, Russian Academy of Sciences, 119334, Moscow, Russia) ,  Bubis Julia A. (Moscow Institute of Physics and Technology (State University), 141700, Dolgoprudny, Russia) ,  Levitsky Lev I. (Institute for Energy Problems of Chemical Physics, Russian Academy of Sciences, 119334, Moscow, Russia) ,  Levitsky Lev I. (Moscow Institute of Physics and Technology (State University), 141700, Dolgoprudny, Russia) ,  Ivanov Mark V. (Institute for Energy Problems of Chemical Physics, Russian Academy of Sciences, 119334, Moscow, Russia) ,  Ivanov Mark V. (Moscow Institute of Physics and Technology (State University), 141700, Dolgoprudny, Russia) ,  Tarasova Irina A. (Institute for Energy Problems of Chemical Physics, Russian Academy of Sciences, 119334, Moscow, Russia) ,  Gorshkov Mikhail V. (Institute for Energy Problems of Chemical Physics, Russian Academy of Sciences, 119334, Moscow, Russia) ,  Gorshkov Mikhail V. (Moscow Institute of Physics and Technology (State University), 141700, Dolgoprudny, Russia)
資料名： Rapid Communications in Mass Spectrometry  (Rapid Communications in Mass Spectrometry)
巻： 31  号： 7  ページ： 606-612  発行年： 2017年 
JST資料番号： T0695A  ISSN： 0951-4198  CODEN： RCMSEF  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 根拠:無標識定量(LFQ)はショットガンプロテオミクスのための一般的な戦略である。LFQアルゴリズムは最近開発された。しかし,最も一般的に使用されるLFQ法の包括的な比較は,まだは稀であり,それらの評価と注釈と定量的に良く特性化されたデータセットのための明確な基準の欠如のために。【方法】五LFQ法を比較した:スペクトル計数に基づくアルゴリズムSI_N,emPAI,NSAF,抽出したイオンクロマトグラム(X IC)強度に依存したアプローチ,MaxLFQとクオンチ。性能評価のための三基準:反復間の蛋白質存在量の変動係数(CV)を用いた;分散分析(A NOVA)logarithmized計算した濃度比の根平均二乗誤差,標準定量誤差(SQE)として参照される。比較を定量的に注釈された公的に利用可能なデータセットを用いて行った。【結果】間繰り返し再現性の点で最良の結果がMaxLFQとNSAFで観察された,それらは大きな標準定量誤差を示した。NSAFを用いて,全ての定量的に注釈付き蛋白質はA NOVA試験のBonferroni補正結果で正しく同定された。SI_NはSQEの点で最も正確であることが分かった。最後に,X ICベースLFQ法の現在の実装は,本研究で用いたデータセットのためのスペクトル計数に基づく方法よりも優れているしなかった。【結論】驚いたことに,三つの独立した指標を用いて測定したX ICベースアプローチの性能をより直接的で簡単なMS/MSスペクトル計数法と同等であることが分かった。研究は後者の間の明確なリーダーを明らかにしなかった。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 分散分析 ,  アルゴリズム ,  アノテーション ,  性能評価 ,  キャラクタリゼーション ,  タンパク質 ,  *スペクトロメータ ,  質量スペクトル ,  変動係数 ,  再現性 ,  イオン交換クロマトグラフィー ,  計数法
準シソーラス用語： ボンフェローニ補正 ,  *無標識 ,  *ショットガンプロテオミクス , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  有機物質の各種分析一般  (CC08031K)

タイトルに関連する用語 (4件)： ショットガンプロテオミクス ,  無標識 ,  定量化 ,  比較評価