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J-GLOBAL ID：201702225785632806   整理番号：17A1830504

高度に重複したゲノムを持つテッポウエビの近縁種におけるゲノムおよびトランスクリプトームderivedマイクロサテライトの開発【Powered by NICT】

Development of genome- and transcriptome-derived microsatellites in related species of snapping shrimps with highly duplicated genomes

著者 (8件)： Gaynor Kaitlyn M. (Department of Ecology, Evolution and Environmental Biology, Columbia University, New York, NY, USA) ,  Gaynor Kaitlyn M. (Department of Environmental Science, Policy and Management, University of California Berkeley, Berkeley, CA, USA) ,  Solomon Joseph W. (Department of Ecology, Evolution and Environmental Biology, Columbia University, New York, NY, USA) ,  Siller Stefanie (Department of Ecology, Evolution and Environmental Biology, Columbia University, New York, NY, USA) ,  Jessell Linnet (Department of Ecology, Evolution and Environmental Biology, Columbia University, New York, NY, USA) ,  Duffy J. Emmett (Tennenbaum Marine Observatories Network, Smithsonian Institution, Washington, DC, USA) ,  Rubenstein Dustin R. (Department of Ecology, Evolution and Environmental Biology, Columbia University, New York, NY, USA) ,  Rubenstein Dustin R. (Department of Ornithology, Sackler Institute for Comparative Genomics, American Museum of Natural History, New York, NY, USA)
資料名： Molecular Ecology Resources  (Molecular Ecology Resources)
巻： 17  号： 6  ページ： e160-e173  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2685A  ISSN： 1755-098X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 分子マーカーは,個体群内および社会的進化についての推論を作るための関連性と親子関係のパターンを研究するための強力なツールである。しかし,複数種の同時研究のための分子マーカーの開発が挑戦を示し,特に種はゲノム重複または倍数性を示した。テッポウエビのためのマイクロサテライトマーカーの種は社会組織に大きな変化なく,ゲノムサイズおよび部分的ゲノム重複の種間変動を示す属を開発した。テッポウ内の四種の主要なクレードから,四種のゲノムにおける二種のコンセンサストランスクリプトームにおけるマイクロサテライトを同定した。,を設計し,25種の143のマイクロサテライトマーカーのプライマーを試験した。マーカーの大部分はdisomicしたが,多くのマーカーはある種のpolysomicした。驚いたことに,ゲノムサイズと多染色体マーカーの数は見られなかった。予想されたように,与えられた種のために開発されたマーカーは,より遠い血縁者に対するよりも密接に関連した種のためのより良い増幅した。最後に,トランスクリプトームから開発したマーカーはゲノムから開発されたものよりも成功裏に動作し,染色する可能性が高い,コンセンサストランスクリプトームが種を超えて保存されている可能性があることを示唆した。著者らの発見は,特に複数の種からのコンセンサス配列,トランスクリプトームは複雑で重複したゲノム分類のための分子マーカーの貴重な供給源であることを示唆した。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 染色体 ,  *トランスクリプトーム ,  *ゲノム ,  個体群 ,  親子関係 ,  遺伝子重複
準シソーラス用語： コンセンサス配列 ,  血縁 ,  クレード ,  ゲノムサイズ ,  マイクロサテライトマーカー ,  多倍数性 ,  分子マーカー ,  *近縁種 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： ゲノム重複 ,  マイクロサテライト ,  分子マーカー ,  社会的進化 ,  ツノテッポウエビ ,  トランスクリプトーム

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (6件)： ゲノム ,  テッポウエビ ,  近縁種 ,  トランスクリプトーム ,  マイクロサテライト ,  開発