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J-GLOBAL ID：201702226602771312   整理番号：17A0896199

動的なRNA可視化の状況での数値積分法およびレイアウト改善

Numerical integration methods and layout improvements in the context of dynamic RNA visualization

著者 (2件)： SHABASH Boris (Simon Fraser Univ.) ,  WIESE Kay C. (Simon Fraser Univ.)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 18  号： May  ページ： 18:282 (WEB ONLY)  発行年： 2017年05月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:RNA可視化ソフトウェアツールはRNA分子の静的可視化を提示し,これは一般的には一旦それが完了すると,結果としての画像と相互作用するユーザのための能力は限定されている。わずかなツールのみが動的構造を可能にする。一つのそのようなツールはjViz.RNAである。現在,jViz.RNAは詳細グラフと呼ぶグラフ中の頂点にRNAヌクレオチドをマッピングすることによりRNA分子レイアウトを作製するユニークな手法を採用し,そしてRNA分子のレイアウトを計算するための力のNewtonメカニクス触発システムを利用する。本研究では,普通の描画慣習に基づくRNAの二次構造の描画,そして劇的なランタイム成績改善を可能とするjViz.RNAの改良に焦点を当てた。これは,先ず圧縮グラフと呼ぶグラフ中にRNA分子をマッピングするための代替手法を提示し,次いで圧縮グラフ提示のために先進的数値積分法を採用することにより行った。結果:圧縮グラフと詳細グラフ実装を比べることにより,圧縮グラフがRNA描画慣習法とより一致した結果を与えることを見出した。しかし,圧縮グラフ法の採用は最小のユーザ妨害を必要とする可視化を産生するためにより洗練された初期レイアウトを必要とすることも見出した。二つの数値積分法の比較は,後向きEuler法のより高い安定性と,ユーザ相互作用を必要とする全てのソフトウェアのための高優先度特性であり,ずっと大きな時間ステップを取り扱う能力をもたらすことを明らかにした。結論:本研究では,詳細グラフよりも圧縮グラフの優先使用と,前向きEuler法を越える後向きEuler法の採用の利点を提示した。これらの改良手順はRNAの二次構造のより安定で,視覚的に審美的な提示を生み出す。ここで示した結果は,圧縮グラフ提示と後向きEuler積分器の両者が,ランタイム成績と使用性を大きく強化することを示す。jViz.RNAの最新版はhttps://jviz.cs.sfu.ca/download/download.htmlで利用可能である。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： RNA【核酸】 ,  *可視化 ,  *数値積分 ,  レイアウト ,  構造 ,  ヌクレオチド ,  ヌクレオチド配列 ,  遺伝子地図 ,  Newton力学 ,  *二次構造 ,  動的解析 ,  *表現
準シソーラス用語： 分子可視化 ,  *数値積分法 ,  動的構造 ,  ヌクレオチドマッピング ,  *RNA二次構造 ,  ランタイム分析 ,  *グラフ表現

分類 (3件)： 遺伝学研究法  (EC01020N) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： RNA ,  可視化 ,  状況 ,  数値積分法 ,  レイアウト