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J-GLOBAL ID：201702226835917984   整理番号：17A1708489

高性能アプタマー同定と配列設計と最適化の支援のための新規核酸配列符号化戦略【Powered by NICT】

A novel nucleic acid sequence encoding strategy for high-performance aptamer identification and the aid of sequence design and optimization

著者 (9件)： Yang Qin (State Key Laboratory of Chemo/Biosensing and Chemometrics, College of Chemistry and Chemical Engineering, Hunan University, Changsha 410082, PR China) ,  Yang Qin (School of Physics and Optoelectronic Engineering, Yangtze University, Jingzhou 434023, PR China) ,  Wang Sui-Ping (Department of Food and Biological Engineering, College of Chemical Engineering, Xiangtan University, Xiangtan 411105, PR China) ,  Yu Xin-Liang (State Key Laboratory of Chemo/Biosensing and Chemometrics, College of Chemistry and Chemical Engineering, Hunan University, Changsha 410082, PR China) ,  Yang Xiao-Hai (State Key Laboratory of Chemo/Biosensing and Chemometrics, College of Chemistry and Chemical Engineering, Hunan University, Changsha 410082, PR China) ,  Guo Qiu-Ping (State Key Laboratory of Chemo/Biosensing and Chemometrics, College of Chemistry and Chemical Engineering, Hunan University, Changsha 410082, PR China) ,  Tang Li-Juan (State Key Laboratory of Chemo/Biosensing and Chemometrics, College of Chemistry and Chemical Engineering, Hunan University, Changsha 410082, PR China) ,  Jiang Jian-Hui (State Key Laboratory of Chemo/Biosensing and Chemometrics, College of Chemistry and Chemical Engineering, Hunan University, Changsha 410082, PR China) ,  Yu Ru-Qin (State Key Laboratory of Chemo/Biosensing and Chemometrics, College of Chemistry and Chemical Engineering, Hunan University, Changsha 410082, PR China)
資料名： Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems  (Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems)
巻： 170  ページ： 32-37  発行年： 2017年 
JST資料番号： E0150B  ISSN： 0169-7439  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： アプタマーは研究,臨床及び工業的目的のために大きな可能性を示した。これらの用途を実現するための重要なステップは,関心標的に特異的な高親和性アプタマーを得ることである。指数関数的濃縮(SELEX)過程による配位子の系統的進化で発生したアプタマーの選択を容易にするために,ループ領域におけるそれらの微妙な構造を解析することにより候補配列の二次構造特徴抽出のためのApta LoopEncの新規核酸配列符号化戦略を提案した。アプタマーのユニークなループ構造は標的との相互作用を決定するので,それらの中心ループ構造をコードする直接アプタマー結合親和性関連特性を可能にする。さらに,配列のヌクレオチド組成も配列間の記述の類似性をさらに減少させるApta LoopEncにおける記述子として用いた。シーケンス符号化のためのApta LoopEncの実現可能性をヒト肝細胞癌細胞に対する高親和性アプタマーの同定研究により実証した。結果は,開発したApta LoopEncが異なるパターン認識モデルの性能を顕著に改善することを示す。SELEXを越えて新しく設計した候補配列のセットを予測するApta LoopEncに基づくサポートベクトルマシン(SVM)を用いた更なる計算による容易で時間節約および費用対効果に優れた方法の高性能アプタマー設計と最適化の支援で開発された配列符号化と予測戦略の可能性を示している,アプタマー関連研究と応用の開発を促進した。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *最適化 ,  *ヌクレオチド配列 ,  肝細胞癌 ,  予測 ,  相互作用 ,  親和性 ,  サポートベクトルマシン ,  ヒト ,  ループ構造 ,  ヌクレオチド ,  パターン認識 ,  *符号化
準シソーラス用語： 結合親和性 ,  SELEX法 ,  *アプタマー , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Aptamer ,  指数関数的濃縮によるリガンドの系統的進化 ,  核酸配列符号化 ,  ヒト肝細胞癌細胞 ,  サポートベクトルマシン(SVM)

分類 (3件)： 数値計算  (JE02000J) ,  分析化学一般  (CC02010H) ,  ドキュメンテーション  (CA01030Q)

タイトルに関連する用語 (9件)： 高性能 ,  アプタマー ,  同定 ,  設計 ,  最適化 ,  支援 ,  核酸配列 ,  符号化 ,  戦略