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J-GLOBAL ID：201702226893308587   整理番号：17A0287868

Paris polyphylla var.yunnanensisにおけるmiRNAおよびそれらの標的のハイスループットシーケンシング解析によるトランスクリプトームワイド同定および予測

Transcriptome-Wide Identification and Prediction of miRNAs and Their Targets in Paris polyphylla var. yunnanensis by High-Throughput Sequencing Analysis

著者 (12件)： LING Li-Zhen (BGI-Yunnan, Kunming, CHN) ,  LING Li-Zhen (BGI-Shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  ZHANG Shu-Dong (Kunming Inst. of Botany, Chinese Acad. of Sci., Kunming, CHN) ,  ZHAO Fan (BGI-Yunnan, Kunming, CHN) ,  YANG Jin-Long (BGI-Yunnan, Kunming, CHN) ,  SONG Wen-Hui (BGI-Yunnan, Kunming, CHN) ,  GUAN Shen-Min (BGI-Yunnan, Kunming, CHN) ,  LI Xin-Shu (BGI-Yunnan, Kunming, CHN) ,  HUANG Zhuang-Jia (BGI-Yunnan, Kunming, CHN) ,  CHENG Le (BGI-Yunnan, Kunming, CHN) ,  CHENG Le (BGI-Shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  CHENG Le (Dali Univ., Dali, CHN)
資料名： International Journal of Molecular Sciences (Web)  (International Journal of Molecular Sciences (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： WEB ONLY  発行年： 2017年01月 
JST資料番号： U7038A  ISSN： 1422-0067  CODEN： IJMCFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 種子の長い休眠期間は,重要な伝統的漢方薬であるParis polyphylla var.yunnanensisの大規模人工栽培を制限する。miRNAとその標的を特徴付けることは,この種の種子休眠中のmiRNAの役割を理解する上で重要である。この種の限定されたゲノム情報を考慮して,著者らは最初に,休眠種子およびその種皮のトランスクリプトームデータを参照ゲノムとしてシーケンシングし,アセンブルした。平均長923bpの合計146671個のunigeneが同定され,様々な注釈法に基づいて機能的多様性が示された。それぞれの種子および種皮由来の2つの小分子RNAライブラリーをシーケンシングし,組み合わせデータは,1174個の転写物において少なくとも83個のファミリーに属する263個の保存されたmiRNAおよび768個の新規miRNAが見出されたことを示す。予測されたmiRNAの推定上の標的の注釈は,これらのmiRNAが,Paris polyphylla var.yunnanensisの休眠種子における直接的および間接的な調節パターンによって,細胞や,代謝および遺伝情報処理に主に関与していることを示唆している。したがって,著者らは,Paris polyphylla var.yunnanensisにおける種子休眠の分子メカニズムのさらなる研究を助ける,初めての,既知のmiRNAのプロファイルおよびそれらの標的を提供する。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *ユリ科 ,  薬用植物 ,  *アンチセンスRNA ,  遺伝学実験技術 ,  解析 ,  植物生理 ,  発生生理
準シソーラス用語： *Paris polyphylla ,  *miRNA ,  ハイスループット塩基配列決定 ,  トランスクリプトーム解析 ,  種子休眠

分類 (3件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  薬用植物  (FC03075M) ,  植物生理学一般  (EH02010Y)

タイトルに関連する用語 (6件)： miRNA ,  標的 ,  解析 ,  トランスクリプトーム ,  同定 ,  予測