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J-GLOBAL ID：201702226958035061   整理番号：17A0132892

低頻度メタ動力学での多重経路システムのエネルギー障壁と選択性の決定

Determining energy barriers and selectivities of a multi-pathway system with infrequent metadynamics

著者 (3件)： Fu Christopher D. (Department of Chemical Engineering, University of Washington, Seattle, Washington 98195, USA) ,  L. Oliveira Luiz F. (Department of Chemical Engineering, University of Washington, Seattle, Washington 98195, USA) ,  Pfaendtner Jim (Department of Chemical Engineering, University of Washington, Seattle, Washington 98195, USA)
資料名： Journal of Chemical Physics  (Journal of Chemical Physics)
巻： 146  号： 1  ページ： 014108-014108-9  発行年： 2017年01月07日 
JST資料番号： C0275A  ISSN： 0021-9606  CODEN： JCPSA6  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 分子動力学シミュレーションでの多重経路システムの遷移速度と選択性を見積もるのは高価であり,しばしば,多くの個々の経路に関する耐えがたいサンプリングを必要とする。効率的にサンプルし,多重経路システムを特徴づける方法の開発は,以前には計算コストがひどく高価であったシステムの研究へこれらのツールを応用する機会を作る。観測される速度を変えることなく,個々の経路を分離する鞍点に4次境界を置くアプローチを提起し,サンプルし見積もった速度の不確かさをもつイベントに対して求められる数を減少した。速度に加え,経路の間の選択性も正確に予測した。解析の計算コストをさらに減少させるために,このアプローチを低頻度メタ動力学と対にした。この方法をモデルシステムおよび硬化アラニンジペプチドに対して例示した。さらに,さまざまな温度での低頻度メタ動力学の結果から生成されるArrheniusプロットの勾配を採り上げることで,特定の遷移経路のエネルギー障壁を回復する適切な方法を示した。また,この方法をもう一つの以前公表された文献に対して比較し,その優れた性能を例示した。将来,これらの方法は,異なる障壁をもつ競合している逃散経路が関係する種々の状況で使用できるであろう。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *計算機シミュレーション ,  *経路 ,  *障壁 ,  *選択性 ,  標本抽出 ,  原価 ,  鞍点
準シソーラス用語： *分子動力学シミュレーション ,  *多重経路 ,  *エネルギー障壁 ,  サンプリング【統計】 ,  計算コスト ,  Arrheniusプロット

分類 (1件)： 数値計算  (JE02000J)

物質索引 (1件)： アラニンジペプチド

タイトルに関連する用語 (4件)： 頻度 ,  動力学 ,  多重経路 ,  エネルギー障壁