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J-GLOBAL ID：201702227717315454   整理番号：17A1853520

ヤクにおける肺トランスクリプトームの地図作成と特有の正選択遺伝的進化遺伝子の探索【JST・京大機械翻訳】

Mapping of Transcriptome and Identification of Positively Selected Genes in Lung in Yak

著者 (6件)： Yang Qiyue (西南民族大学生命科学与技術学院,成都,610041) ,  Chen Tong (西南民族大学生命科学与技術学院,成都,610041) ,  Lan Daoliang (西南民族大学青藏高原研究院,成都,610041) ,  Xiong Xianrong (西南民族大学生命科学与技術学院,成都,610041) ,  Hou Dingchao (金川畜牧獣医局,金川,624100) ,  Li Jian (西南民族大学生命科学与技術学院,成都610041;西南民族大学青藏高原研究院,成都610041)
資料名： Xumu Shouyi Xuebao  (Xumu Shouyi Xuebao)
巻： 48  号： 7  ページ： 1202-1211  発行年： 2017年 
JST資料番号： C2231A  ISSN： 0366-6964  CODEN： CMHPAI  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： RNA-Seqによる高スループット配列決定技術を用いて、ゲノム転写レベルからヤクの低酸素の適応及び関連する遺伝機構を解析することを目的とした。本研究では、ヤクと黄牛の肺をサンプルとし、Illumina HiSeq 500のプラットフォームでシークエンシングし、生物情報学的分析を行った。結果により、黄色牛の転写シークエンシング配列において5454 968本の配列が得られ、4 924828170 bpを含み、ヤクにおいて516628282の配列が得られ、4747715380bpを含むことが分かった。ヤクの基本トランスクリプトーム分析により、8123本のmRNAの5’-または3’-末端は元の上に伸長し、同時に759個の新しい転写物が発見され、その中の2795個の新しい転写物がコードタンパク質の能力を持つことが予測された。GO分析により、合計14764個の遺伝子が分類注釈を得られ、細胞成分、生物学的過程及び分子機能の3つの大きい59種類の小類に及び、その中で細胞、細胞過程及び結合類が最も富化していることが分かった。KEGG分析により、14485個の遺伝子が258個の経路に関与し、代謝経路の経路が最も富化し、その次は粘着斑とアメーバ病の経路であることが分かった。ヤクの肺転写群をウシと比較し、Ka/Ks分析により39個の正選択遺伝子をスクリーニングし、これらの遺伝子のGO分類注釈の結果により、細胞成分TOP10においてリボソームに関連するカテゴリーが占める割合が最も大きい(4/10)ことが分かった。生物学的過程TOP10において,免疫細胞に関連するカテゴリーが最も多く(7/10),分子機能TOP10において酵素活性に関連するカテゴリーが最も大きかった(5/10)。KEGGの結果により,これらの遺伝子が56の経路に関与し,最も豊富な10の経路の中で,糖類エネルギー,ビタミン,核酸などの関連代謝経路が7/10を占めていることを示した。同時に、最も富化する前の10の経路の中に3つの疾患があることが分かり、これはヤクの自己保護メカニズムと関係があると推測される。本研究では、RNA-Seqトランスクリプトーム配列技術により、ヤクの肺正常転写群データベースを獲得し、ヤクの肺正常転写群の画像を描き、ヤクのゲノムデータベースの更なる改善に価値あるデータを提供した。同時に、黄牛のトランスクリプトームとの比較により、関連する正の選択遺伝子をスクリーニングし、さらに分子レベルでヤクの高原低酸素適応の独特な進化過程と遺伝分子機構を明らかにするための参考根拠を提供した。Data from Wanfang. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *遺伝子 ,  代謝経路 ,  酸素欠乏 ,  *トランスクリプトーム ,  タンパク質 ,  データベース ,  酵素活性度 ,  mRNA ,  *遺伝 ,  アノテーション ,  ゲノム
準シソーラス用語： 分子機構 ,  KEGG ,  バイオインフォマティクス ,  配列解析 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： yak ,  lung ,  transcriptome ,  positively selected genes ,  RNA-Seq

分類 (2件)： 原乳の品質と処理  (FJ12022D) ,  牛  (FD02020Y)

タイトルに関連する用語 (8件)： ヤク ,  肺 ,  トランスクリプトーム ,  地図作成 ,  特有 ,  進化 ,  遺伝子 ,  探索