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J-GLOBAL ID：201702227844715942   整理番号：17A1193305

二本鎖DNA中のAH⁺・Cゆらぎ形成を用いた核酸静電ポテンシャルおよびリガンド会合に対するイオン雰囲気効果の測定

Determination of Ion Atmosphere Effects on the Nucleic Acid Electrostatic Potential and Ligand Association Using AH⁺ C Wobble Formation in Double-Stranded DNA

著者 (3件)： ALLRED Benjamin E. (Stanford Univ., California, USA) ,  GEBALA Magdalena (Stanford Univ., California, USA) ,  HERSCHLAG Daniel (Stanford Univ., California, USA)
資料名： Journal of the American Chemical Society  (Journal of the American Chemical Society)
巻： 139  号： 22  ページ： 7540-7548  発行年： 2017年06月07日 
JST資料番号： C0254A  ISSN： 0002-7863  CODEN： JACSAT  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： リガンドの結合が内部AH⁺・Cゆらぎ形成を伴うDNAシステムを用いて,二本鎖DNAにおける核酸静電ポテンシャルとリガンド会合に対するイオン雰囲気効果を調べた。カチオンとしてK⁺を用いたとき,その濃度の増加に伴うプロトン結合定数の対数値(logK_A)の傾きは-0.96±0.03であった。一方,カチオンとしてMg²⁺を用いたときのそれは-0.52±0.01であった。熱力学サイクルを用いてプロトン親和性に対する静電ポテンシャルを求めたところ,20mMのMg²⁺でのDNA付近のそれが-120mVであるのに対して,20mMのK⁺では-210mVであった。これらの値は静電理論からの予測値とも一致した。AH⁺・Cゆらぎ形成を利用することで,核酸と核酸/蛋白質複合体の静電的特性およびエネルギー論を明らかにすることができると結論付けた。

シソーラス用語： *DNA【核酸】 ,  *不適正塩基対 ,  *電位 ,  配位子 ,  *結合 ,  イオン雰囲気 ,  カリウム化合物 ,  金属イオン ,  結合定数 ,  マグネシウム化合物 ,  *タンパク質核酸複合体 ,  Debye-Hueckel理論 ,  Poisson-Boltzmann方程式
準シソーラス用語： *二本鎖DNA ,  *ミスマッチ塩基対 ,  *静電ポテンシャル ,  リガンド【配位子】 ,  *リガンド結合 ,  カリウムイオン ,  マグネシウムイオン ,  pKa

分類 (3件)： 生物物理的研究法  (EA03020V) ,  核酸一般  (EB04010U) ,  理論生物学一般  (EA02010D)

タイトルに関連する用語 (7件)： 二本鎖DNA ,  ゆらぎ ,  核酸 ,  静電ポテンシャル ,  リガンド ,  会合 ,  イオン