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J-GLOBAL ID：201702227873985678   整理番号：17A1963301

環境試料への適合性に関する10種のDNA抽出法の比較【Powered by NICT】

Comparison of ten different DNA extraction procedures with respect to their suitability for environmental samples

著者 (5件)： Kuhn Ramona (Brandenburg University of Technology Cottbus-Senftenberg, Institute of Environmental Technology, 03046 Cottbus, Germany) ,  Bollmann Jorg (Brandenburg University of Technology Cottbus-Senftenberg, Institute of Environmental Technology, 03046 Cottbus, Germany) ,  Krahl Kathrin (Brandenburg University of Technology Cottbus-Senftenberg, Institute of Environmental Technology, 03046 Cottbus, Germany) ,  Bryant Isaac Mbir (Brandenburg University of Technology Cottbus-Senftenberg, Institute of Environmental Technology, 03046 Cottbus, Germany) ,  Martienssen Marion (Brandenburg University of Technology Cottbus-Senftenberg, Institute of Environmental Technology, 03046 Cottbus, Germany)
資料名： Journal of Microbiological Methods  (Journal of Microbiological Methods)
巻： 143  ページ： 78-86  発行年： 2017年 
JST資料番号： H0882A  ISSN： 0167-7012  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 分子生物学的応用のためのDNA抽出は,通常,試料の起源に依存してターゲット最適化抽出法を必要とする。環境試料では,一連の異なる手順を開発した。四種類の環境試料を用いた最近の文献に発表された十の選択されたDNA抽出法の適用性と効率を比較した:家庭汚水処理施設,河川堆積物,嫌気性消化スラッジと硝化富化培養からの活性スラッジ。DNAの収量と品質の両方に基づく抽出手順の適合性を評価した。DNAの定量化は,ピコグリーンで染色した後に紫外(UV)分光光度計および蛍光光度計により行った。本研究では,UV測定に基づくDNA収率は多くの場合過大評価された蛍光測定からのDNA収率は粗DNAのアガロースゲルへの試料負荷と良く相関した。DNA抽出物の品質は,普遍的なプライマーセット27f/1525rを用いた16S rDNAからの粗DNAとPCR産物のゲル電気泳動により決定した。妨害バックグランド物質(例えば腐植物質)は見られなかったので粗DNAのゲル電気泳動は,DNA完全性及び純度を評価するのに適しているとは限らないことが観察された。,強く新しい抽出法が確立された時にゲル電気泳動による粗DNAと16S rDNA PCR生成物の両方のDNA品質を調べることを推奨した。要約すると,著者らは顕著な制約なしに試験した全ての試料に適用できる十抽出法のうち四を見出した。法G(消費者保護及び食品安全のためのLower Saxony州庁の標準法432_10401による)は手順J(Wilson,2001年までに発表された)最も広い適用範囲を持っていた。これらはF(Singka.,2012)とA(Bourrain.,1999)により追跡した。すべての四抽出法は信頼性と再現性のある粗DNA及びPCR生成物を与えた。経済的な観点から,本研究で試験した全ての手順は市販のDNA抽出キットに比べて安価である。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 下水処理施設 ,  分子生物学 ,  ゲル電気泳動 ,  品質 ,  *環境試料 ,  *DNA【核酸】 ,  最適化 ,  培養 ,  硝化 ,  蛍光測定 ,  再現性 ,  信頼性 ,  嫌気性処理
準シソーラス用語： 16S rDNA ,  *DNA抽出 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： DNA抽出 ,  DNA定量化 ,  DNA収量 ,  環境試料 ,  ゲル電気泳動 ,  PicoGreen

分類 (1件)： 微生物検査法  (EG02020G)

タイトルに関連する用語 (3件)： 環境試料 ,  適合性 ,  DNA抽出