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J-GLOBAL ID：201702227987052611   整理番号：17A0799933

AnkPlex:天然に近いアンキリン-蛋白質ドッキングを精密化するためのアルゴリズム構造

AnkPlex: algorithmic structure for refinement of nearnative ankyrin-protein docking

著者 (7件)： WISITPONCHAI Tanchanok (Chiang Mai Univ.) ,  SHOOMBUATONG Watshara (Mahidol Univ.) ,  LEE Vannajan Sanghiran (Commission on Higher Education) ,  LEE Vannajan Sanghiran (Univ. Malaya) ,  KITIDEE Kuntida (Chiang Mai Univ.) ,  KITIDEE Kuntida (Mahidol Univ.) ,  TAYAPIWATANA Chatchai (Chiang Mai Univ.)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 18  号： Apr  ページ： 18:220 (WEB ONLY)  発行年： 2017年04月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:蛋白質-蛋白質相互作用の計算分析は,基本的な立体配座を変えることなく結合親和性を増加させる重要な情報を提供した。幾つかのドッキングプログラムを使用して,蛋白質-蛋白質複合体の天然に近い姿勢を10上位ランキング中で予測した。数種の認識蛋白質が存在するため,天然に近い姿勢を同定するための普遍的な基準は利用できない。現在,アンキリン-蛋白質複合体(APK)の天然に近い姿勢を同定するための明確な基準はまだ報告されていない。結果:本研究では,「AnkPlex」と命名したAPKの天然に近い姿勢を同定するためのアンサンブル計算モデルを確立した。信頼性の高いドッキングツールZDOCKを使用して,3つの内部ドメインからなる7つのX線構造APKからAPKのデータセットを発生させた。データセットは,それぞれ669および44334の天然に近い姿勢と天然に近くない姿勢から構成し,11の有益特性を発生させるために使用した。その後,決定ツリーアルゴリズムとロジスティック回帰の組み合わせを使用して,AnkPlexによリ再スコアリングランクを発生させた。AnkPlexは,6つのX線複合体しか得られなかったZDOCKと比較して,9つのX線複合体について10位までの上位ランクの中で≧1の天然に近い複合体を優れた効率で予測した。さらに,特徴分析によりは,van der Waals特徴が,潜在的なアンキリン-蛋白質ドッキング姿勢のうち,優勢な天然に近い姿勢であることを実証した。結論:AnkPlexモデルにより,天然に近いドッキング姿勢ズを予測するのに成功し,アンキリン-蛋白質複合体の理解をさらに向上させる有益な特性の発見につながった。本計算研究は,特にアンキリン-蛋白質複合体について,結合蛋白質と所望の標的の天然に近い姿勢を予測するのに有用であり得る。AnkPlex Webサーバーはhttp://ankplex.ams.cmu.ac.thから自由にアクセスできる。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： ディシジョンツリー ,  膜タンパク質 ,  タンパク質 ,  *分子間相互作用 ,  *ドッキング ,  *精密化 ,  学習アルゴリズム ,  *立体配座 ,  親和性 ,  タンパク質複合体 ,  計算モデル ,  結晶構造 ,  *回帰分析 ,  van der Waals力 ,  機械学習
準シソーラス用語： 決定ツリー ,  アンキリン ,  *蛋白質-蛋白質相互作用 ,  *蛋白質ドッキング ,  *構造精密化 ,  訓練アルゴリズム ,  *蛋白質立体配座 ,  結合親和性 ,  X線構造 ,  *ロジスティック回帰分析 ,  ファンデルワールス相互作用

分類 (3件)： 理論生物学一般  (EA02010D) ,  分子構造  (EB03020Y) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (4件)： アンキリン ,  蛋白質ドッキング ,  精密化 ,  アルゴリズム