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J-GLOBAL ID：201702228029605362   整理番号：17A0867987

系統発生分析とプランクトン性ケイソウSkeletonema属の種識別に対するミトコンドリアに組み込まれたチトクロームc酸化酵素I遺伝子の有用性

Utility of mitochondrial-encoded cytochrome c oxidase I gene for phylogenetic analysis and species identification of the planktonic diatom genus Skeletonema

著者 (7件)： Yamada Machiko (Department of Environmental Science, International College of Arts and Sciences, Fukuoka Women’s University, Fukuoka, Japan) ,  Otsubo Mayuko (Department of Environmental Science, International College of Arts and Sciences, Fukuoka Women’s University, Fukuoka, Japan) ,  Tsutsumi Yuki (Department of Environmental Science, International College of Arts and Sciences, Fukuoka Women’s University, Fukuoka, Japan) ,  Mizota Chiaki (Department of Environmental Science, International College of Arts and Sciences, Fukuoka Women’s University, Fukuoka, Japan) ,  Nakamura Yuka (Department of Environmental Science, International College of Arts and Sciences, Fukuoka Women’s University, Fukuoka, Japan) ,  Takahashi Kazuya (Asian Natural Environmental Science Center, University of Tokyo, Tokyo, Japan) ,  Iwataki Mitsunori (Asian Natural Environmental Science Center, University of Tokyo, Tokyo, Japan)
資料名： Phycological Research  (Phycological Research)
巻： 65  号： 3  ページ： 217-225  発行年： 2017年07月 
JST資料番号： W0962A  ISSN： 1322-0829  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 小サブユニット(SSU)および大サブユニット(LSU)rDNAシーケンスは,プランクトン性ケイソウSkeletonema属の分類学と生物地理学を詳細に描写するために通常用いらてきた,しかし,遺伝子は複数のコピーとして起こるのでバーコード化を目的にするのにはふさわしくない。ここに筆者らは,種を定める要因を特定し,この分類群のこれら3つの標識の有用性を評価するために,部分的なLSU rDNA(D1~D3)やSSU rDNAだけでなくミトコンドリアに組み込まれたチトクロームc酸化酵素I遺伝子(cox1)を使用してSkeletonemaの系統発生の関係を分析した。12のSkeletonema種は,6つの系統分岐群(I~VI)に分けられ,それぞれは3つのマーカーにより同じ種から成っていた:それらは系統分岐群I(S.japonicum,S.grethae,S.pseudocostatum,S.tropicum),同II(S.menzelii),同III(S.dohrnii,S.marinoi),同IV(S.costatum,S.potamos,S.subsalsum),同V(S.grevillei),同VI(S.ardens)である。しかし,これらの系統分岐群の間の分岐の順番は,マーカーの間で一致しなかった。系統分岐群 IIIの中で,6つのS.marinoi株は,同一のcox1シーケンスを持っていた。これらのS.marinoi株は,ナポリ湾産の株を除いて,cox1の高い支持のもと,S.dohrniiとともに分岐していた。したがってS.dohrniiとS.marinoiの間の種の境界決定は支持されなかった。系統分岐群 IVでは,S.costatumとS.subsalsumが,LSUとSSU系統ではなく,cox1系統の姉妹系統分岐群としてS.potamosと強く集合していた。系統分岐群 IIでは,次いでcox1から確認されたことは,S.menzeliiが互いに形態的な特徴で区別できる3つのサブ系統分岐群を含むことであった。Cox1はSkeletonema種の識別のために最も役に立つマーカーであることがわかった。その理由は,それが非常に支持された系統分岐群とともに系統を与えたこと,種の範囲内および間で十分なバリエーションを持っていたこと,タンパク質を一回のコピーでコード化していること,そして比較的少ないプライマーを必要とすることであった。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： 解析 ,  系統発生 ,  プランクトン ,  ミトコンドリア ,  チトクロームc ,  サブユニット ,  DNA【核酸】 ,  生物学 ,  生物分類 ,  地理学 ,  プライマー【遺伝】 ,  *シクロオキシゲナーゼ ,  *系統分類学 ,  生物地理学 ,  *珪藻植物門 ,  *系統解析 ,  リボソームDNA ,  ホネツギケイソウ属 ,  シクロオキシゲナーゼ1 ,  *藻類 ,  *隠花植物
準シソーラス用語： *珪藻類 ,  *系統発生分析 ,  珪藻 ,  rDNA ,  Skeletonema ,  COX1

著者キーワード (6件)： cox1 ,  genetic marker ,  LSU rDNA ,  phylogenetic tree ,  species delimitation ,  SSU rDNA

分類 (1件)： 植物分類学  (EH01030N)

引用文献 (59件)：

• Alverson, A. J. 2008. Molecular systematics and the diatom species. Protist 159: 339-53.
• Alverson, A. J. and Kolnick, L. 2005. Intragenomic nucleotide polymorphism among small subunit (18S) rDNA paralogs in the diatom genus Skeletonema (Bacillariophyta). J. Phycol. 41: 1248-57.
• Balzano, S., Sarno, D. and Kooistra, W. H. C. F. 2011. Effects of salinity on the growth rate and morphology of ten Skeletonema strains. J. Plankton Res. 33: 937-45.
• Bergesch, M., Garcia, M. and Odebrecht, C. 2009. Diversity and morphology of Skeletonema species in southern Brazil, southwestern Atlantic Ocean. J. Phycol. 45: 1348-52.
• Bethge, H. 1928. Über die Kieselalge Skeletonema subsalsum (A. Cleve) Bethge. Ber. Dtsch. Bot. Ges. 46: 340-7.

タイトルに関連する用語 (10件)： 系統発生分析 ,  プランクトン ,  Skeletonema属 ,  種 ,  識別 ,  ミトコンドリア ,  チトクロームC ,  酸化酵素 ,  遺伝子 ,  有用性