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J-GLOBAL ID：201702228055140332   整理番号：17A0932941

コンピュータ的アラニンスキャニングのための相互作用エントロピー

Interaction Entropy for Computational Alanine Scanning

著者 (7件)： YAN Yuna (East China Normal Univ., Shanghai, CHN) ,  YANG Maoyou (Shandong Inst. of Light Ind., Shandong, CHN) ,  JI Chang G. (East China Normal Univ., Shanghai, CHN) ,  JI Chang G. (NYU-ECNU Center for Computational Chemistry at NYU Shanghai, Shanghai, CHN) ,  ZHANG John Z.H. (East China Normal Univ., Shanghai, CHN) ,  ZHANG John Z.H. (NYU-ECNU Center for Computational Chemistry at NYU Shanghai, Shanghai, CHN) ,  ZHANG John Z.H. (New York Univ., New York, USA)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 57  号： 5  ページ： 1112-1122  発行年： 2017年05月 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 各種生物学的プロセスにおいて重要な役割を果たす蛋白質-蛋白質相互作用(PPI)に関する結合自由エネルギーの理論的計算は,コンピュータ生物学における大きな課題である。重要な残基の正確な予測は,結合メカニズムを明らかにし,PPIを変化させる薬剤様分子の同定に有用である。PPIにおける個々の残基の結合自由エネルギーにおけるエントロピー損失は,現状では相互作用エントロピー法を用いた分子動力学(MD)シミュレーションから算出している。本論文では,相互作用エントロピー法に,溶媒和を考慮した分子力学/generalized Born表面積法を組み合わせたアプローチを用いて,残基特異的蛋白質-蛋白質結合自由エネルギーを計算する方法を提案した。本方法では,結合自由エネルギーに対するエントロピー寄与を,MDシミュレーションにおける相互作用の変動から導き出している。このエントロピー寄与を,種々のPPIの検討において考慮することで,実験データにより一致した残基特異的結合自由エネルギーの計算値が得られることを示した。

シソーラス用語： *自由エネルギー ,  *分子間相互作用 ,  *エントロピー ,  生物学 ,  分子動力学 ,  計算機シミュレーション
準シソーラス用語： *結合自由エネルギー ,  *蛋白質-蛋白質相互作用 ,  コンピュータ生物学

分類 (2件)： 分子間相互作用  (BH07020P) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

タイトルに関連する用語 (3件)： コンピュータ ,  相互作用 ,  エントロピー