メタゲノミクス:天然および人工生態系における汚染物質の運命の精査【Powered by NICT】

Bouhajja Emna; Agathos Spiros N.; Agathos Spiros N.; George Isabelle F.

文献

J-GLOBAL ID：201702228478309986 整理番号：17A0367749

メタゲノミクス:天然および人工生態系における汚染物質の運命の精査【Powered by NICT】

Metagenomics: Probing pollutant fate in natural and engineered ecosystems

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資料名：
巻： 34 号： 8 ページ： 1413-1426 発行年： 2016年
JST資料番号： T0503A ISSN： 0734-9750 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

汚染環境は分解または無害化合物への汚染物質を変換できる微生物種の貯蔵場所であった。微生物資源の適切な管理は,汚染物質の運命を評価し,バイオレメディエーションプロセスの効率を増加させるためにそれらの遺伝的プールの包括的キャラクタリゼーションを必要とする。メタゲノミクスは,個々の株の実験室培養せずにすべての複雑性における微生物群集を記述するための適切なツールを提供する。ミクロビオームを研究するためのメタゲノミクスの使用の10年後,科学界はこの分野で重要な進歩を遂げた。本レビューでは,有機化合物や重金属で汚染された環境に適用したメタゲノム解析の主要な段階を調査した。遭遇する障害を克服するために提案された技術的解決策を強調した。二メタゲノムアプローチ,すなわちライブラリー標的メタゲノミクスとメタゲノムの直接配列決定を比較した。前者では,環境DNAは宿主内クローニングされ,次いで,当該のクローンは,(i)生分解性機能の発現または(ii)関連,既に知られている配列から設計されたプローブとプライマーとの配列相同性に基づいて選択した。新規遺伝子と分解経路の発見のための最高スコアは大きなクローンライブラリーの機能的スクリーニングによってこれまで達成した。一方,クローニング段階なしにメタゲノムの直接配列決定は,微生物群集およびそれらの動力学の分類学的および機能的組成の特性化のための汚染された環境への適用がある。このケースでは,分析は,生物分解の16S rRNA遺伝子とマーカー遺伝子に焦点を当てた。次世代配列決定と配列データの生物情報学的解析の進歩は微生物による生物分解の可能性を評価するための新しい機会を開いているが,収集した遺伝子の注釈はまだデータベースで利用可能な参照配列の限られた数によって妨げられている。メタゲノミクスはまだ技術的挑戦と計算可能な挑戦に直面しているが,最近の文献のレビューは,効率的に汚染された環境のクリーンアップを監視し,生態系への汚染物質の影響を緩和するための成功した戦略を開発するための支援としてのその価値を強調した。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

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遺伝子の構造と化学 , 溶解採掘 , 酵素一般 , 研究開発

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