C型肝炎ウイルス遺伝子型とNS4に基づく血清型の間の不一致  それらのサブゲノム配列との関連

WIN Nan Nwe; NAKAMOTO Shingo; KANDA Tatsuo; TAKAHASHI Hiroki; TAKAHASHI-NAKAGUCHI Azusa; YASUI Shin; NAKAMURA Masato; WU Shuang; IMAZEKI Fumio; MIKAMI Shigeru; YOKOSUKA Osamu; GONOI Tohru; SHIRASAWA Hiroshi

文献

J-GLOBAL ID：201702228873124507 整理番号：17A0287909

C型肝炎ウイルス遺伝子型とNS4に基づく血清型の間の不一致それらのサブゲノム配列との関連

Discrepancy between Hepatitis C Virus Genotypes and NS4-Based Serotypes: Association with Their Subgenomic Sequences

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資料名：
巻： 18 号： 1 ページ： WEB ONLY 発行年： 2017年01月
JST資料番号： U7038A ISSN： 1422-0067 CODEN： IJMCFK 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：スイス (CHE) 言語：英語 (EN)

C型肝炎ウイルス(HCV)遺伝子型の決定は,直接作用型薬剤の時代において重要な役割を果たす。HCV遺伝子型決定および血清型決定アッセイの間の不一致がときどき見られる。遺伝子型決定および血清型決定法の間で結果が一致しなかった18の試料を分析した。HCV血清型決定と遺伝子型決定は,それぞれHCVの非構造4(NS4)領域と5′非翻訳領域(5′-UTR)に基づいた。塩基配列決定のためにHCVコアおよびNS4領域を選び,遺伝子型決定と血清型決定の結果と比較した。対応するHCV NS4領域に関し,ディープシーケンシングも実行した。18の一致しない試料のうち,17をサンガー法により塩基配列決定できた。HCVコアおよびNS4配列の両方は,全17試料の5′-UTRにおける遺伝子型決定のそれと一致した。HCV NS4領域のクローニング分析に於いて,いくつかのアミノ酸変化が見られたが,各配列は同じ遺伝子型を伴うペプチドにずっと近かった。ディープシーケンシングは,17の試料のうち2つに異なるサブゲノム型を伴うマイナーなクローンが存在することを明らかにした。ゲノム増幅による遺伝子型決定は高い一致を示す一方,いくつかの偽反応が血清型決定により検出された。ディープシーケンシング法は正確な遺伝子型決定の結果も提供し,一致しない例の分析に有用かもしれない。HCV遺伝子型決定は抗ウイルス処置の前に正しく決定されるべきである。(翻訳著者抄録)

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ウイルスの生化学 , 遺伝学研究法

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C型肝炎ウイルス遺伝子型とNS4に基づく血清型の間の不一致 それらのサブゲノム配列との関連

C型肝炎ウイルス遺伝子型とNS4に基づく血清型の間の不一致それらのサブゲノム配列との関連